Получив разрешение на путешествие от Иркутской консистории, о. Иоанн отправил свою жену с четырьмя детьми прямо в Иркутск, где их два старших сына уже учились в Семинарии. В ноябре 1838 года он сам со своей семилетней дочерью Фёклой начал кругосветное плавание в С.-Петербург.

Прибыв в столицу Империи следующим летом, о. Иоанн отправился с визитом к обер-прокурору Святейшего Синода графу Н. А. Протасову и представил ему обстоятельный доклад – «Обозрение Православной Церкви в Российской Америке» с рекомендациями для улучшения существующего положения. Синод был на летних вакациях, и о. Иоанн поехал в Москву, где он встретился с выдающимся русским иерархом митрополитом Филаретом (Дроздовым), богословом, поэтическим собеседником Пушкина. Последний сразу же полюбил о. Иоанна, принял близко к сердцу его миссионерское дело и стал его покровителем и другом до конца своей жизни. «В этом человеке что-то апостольское», – говорил московский митрополит о миссионере из Америки[25]. Он просил его всегда останавливаться в его Троице-Сергиевских подворьях в Москве и Петербурге.

Осенью о. Иоанна вызвали на заседание Св. Синода. Его доклад был с благодарностью принят, и на Рождество, в признание его исключительной службы Церкви, он был возведён в сан протоиерея. Также о. Иоанн получил официальное одобрение на печатание его трудов на алеутском языке в Синодальной типографии в Москве. Его научные статьи о населении, языках и природе Русской Америки стали появляться в газетах и журналах, и он читал лекции в различных академических собраниях.

Отец Иоанн стал заметной фигурой в Москве и Петербурге. По словам известного путешественника Сэра Эдуарда Белчера, встретившего в это время о. Иоанна, «он был крупный, атлетического сложения мужчина ростом в шесть футов и три дюйма; весьма сильный и очень умный.…»[26].

Ранней весной 1840 года печальная весть дошла до о. Иоанна. Его жена умерла в Иркутске в ноябре. Митрополит Филарет старался утешить подавленного горем о. Иоанна и, в то же самое время, предложил ему принять монашество. О. Иоанн отклонил это предложение. Он считал себя не подходящим для монашеской жизни и предпочитал оставаться белым священником-миссионером. Кроме того, он очень беспокоился о своих детях, оставшихся без матери. Для того чтобы как-то успокоиться и собраться с мыслями о. Иоанн совершил паломничества в Свято-Троицкую Сергиеву и в Киево-Печерскую лавры.

В его отсутствие Св. Синод принял рекомендации о. Иоанна относительно Американской миссии. Св. Синод договорился с Русско-Американской Компанией о значительном увеличении финансовой поддержки миссии. Больше священников должно было быть послано в Русскую Америку и образовано благочиние с центром на Ситке. Тем временем, по представлению митрополита Филарета и при покровительстве Императорского Двора, была устроена судьба детей о. Иоанна. Его сыновья переводились из Иркутска в Санкт-Петербургскую Духовную Семинарию, и дочери были тоже приняты в Институт в Петербурге.

Теперь уже о. Иоанн не мог больше отказываться от монашества и высшего служения. Была создана новая епархия, и 14 декабря 1840 года в Казанском соборе Санкт-Петербурга он был хиротонисан во епископа Камчатского, Курильского и Алеутского. В монашестве он принял имя Иннокентия в честь просветителя Сибири восемнадцатого века.

В сентябре 1841 года, после долгого и трудного пути с остановкой в Иркутске, помолившись на могиле жены и повидавшись с детьми, Епископ Иннокентий вернулся в Новоархангельск. Св. – Михайловская церковь стала кафедральным собором новой епархии с огромной территорией, соединяющей два континента и включающей Аляску, Алеутские и Курильские острова, Камчатку и побережье Охотского моря. Приезд епископа Иннокентия в Новоархангельск совпал с выдачей нового контракта Компании императором Николаем I. Этот период ознаменовался оживлением и расцветом Русской Америки. Особенно новый контракт был благоприятен для местных людей. Новый контракт категорически воспрещал какое бы то ни было применение силы к туземцам и поощрял распространение среди них образования. Эти параграфы контракта отразили глубокие убеждения епископа Иннокентия