Его огромная епархия ещё более увеличилась с присоединением к России Амурского края. Архиепископ Иннокентий все время путешествовал, проповедовал, устраивал новые миссии, открывал школы. Ему одному уже невозможно было управлять такой большой территорией. К тому же и здоровье его начало сдавать. В 1858 году в Якутске и на Ситке были созданы два викариатства. На следующий год архимандрит Пётр, последний ректор семинарии на Аляске, стал епископом Ново-Архангельским, викарием архиепископа Иннокентия, чья кафедра была перенесена в город Благовещенск на реке Амуре. Владыка Иннокентий с прежним усердием и энтузиазмом продолжал возделывать новую миссионерскую ниву. Однако возраст и недомогание, особенно сильное ухудшение зрения, вынуждали его просить об уходе на покой. Но не такова была воля Божия.

Новость о продаже русско-американских владений Соединённым Штатам, разумеется, не могла не вызвать глубоких чувств у престарелого миссионера. С его проницательным умом и бескорыстной преданностью Церкви вне каких бы то ни было политических соображений, владыка сразу же понял, что здесь открываются огромные возможности. Пятого декабря 1867 года он написал пророческое письмо графу Д. А. Толстому, Обер-прокурору Святейшего Синода. Приводим отрывки из этого письма:

«До меня дошёл слух из Москвы, что будто бы я кому-то писал, что я недоволен тем, что наши американские колонии проданы американцам; это совершенная неправда; напротив того, я вижу в этом обстоятельстве один из путей Провидения, которым наше Православие может проникнуть в Соединённые Штаты, где в настоящее время начали обращать на него серьёзное внимание. Если бы спросили меня по этому предмету, то я вот что бы отвечал:

а) американское викариатство не закрывать, хотя бы там число церквей и Миссий сократили вдвое, то есть до пяти;

б) резиденцию викария вместо Новоархангельска назначить в Сан-Франциско, где климатические условия несравненно лучше и откуда столько же удобно иметь сообщения с церквами, как из Ситки, если только не удобнее;

в) викариатство это подчинить Санкт-Петербургской или другой какой-либо прибалтийской епархии Преосвященному, потому что по окончании передачи колоний американскому правительству сообщение между Амуром и колониями должно совершенно прекратиться, и тогда камчатскому епархиальному начальству придётся иметь сообщение с колониям иначе, как через Санкт-Петербург, что совершенно неестественно;

г) нынешнего викария и все новоархангельское духовенство, кроме одного причетника, возвратить в Россию, назначить нового викария из знающих английский язык, а также и свиту его составить из лиц, знающих по-английски;

д) дозволить Преосвященному дополнять свою свиту и переменять членов оной, а также и рукополагать в священнослужители к нашим церквам из американских подданных, которые примут Православие со всеми его учреждениями и обычаями;

е) Преосвященному викарию и всем причтам Православной Церкви в Америке дозволить отправлять литургию и прочие церковные службы на английском языке, для чего, само собой разумеется, должны быть переведены служебные книги на английский язык;

ж) в училищах, которые будут учреждены в Сан-Франциско и в других местах для приготовления людей к занятию миссионерских и священнослужительских мест, науки преподавались уже на английском, а не на русском языке, который, рано или поздно, а заменится последним языком.…»[42].

В том же 1867 году, в год продажи Аляски Соединённым Штатам, скончался митрополит Филарет. К своему величайшему удивлению, Архиепископ Иннокентий был избран на вакантное место. Таким образом, бедный мальчик из сибирской глуши достиг высочайшего положения в Русской Православной Церкви. 26 мая 1868 года Высоко-преосвященнейший Иннокентий, Митрополит Московский и Коломенский торжественно вступил в древний Собор Успения Пресвятой Богородицы в Кремле. Отвечая на приветствия, митрополит Иннокентий сказал: