После 1864 г. прокуратура стала одним из главных звеньев в государственном аппарате борьбы с революционным движением в стране. В соответствии с Уставом уголовного судопроизводства судебное преследование по государственным преступлениям возлагалось на прокуроров судебных палат. Предварительное следствие по государственным преступлениям производилось одним из членов судебной палаты при обязательном личном присутствии прокурора палаты или его товарища. Кроме того, прокурор судебной палаты имел право до начала следствия поручить производство дознания по этим делам прокурору окружного суда или его товарищу, или полиции. Таким образом, именно прокуратуре принадлежало руководство расследованием государственных преступлений. Составлять обвинительный акт и поддерживать обвинение в суде по государственным преступлениям должны были прокуроры судебных палат, обер-прокуроры Сената, министр юстиции или его товарищ.

Усиление реакции в 70—80-х гг. привело к некоторым изменениям не только в деятельности прокуратуры, но и в ее статусе. Для усиления надзора за судами высшие чины прокуратуры, вплоть до товарищей прокурора судебной палаты, получили право ревизовать окружные и мировые суды. Таким образом, они, по существу, превращались в ревизионные органы Министерства юстиции. Постепенно усиливается и прокурорский надзор за деятельностью адвокатуры.

Прокуратура начинает участвовать в работе некоторых административных органов. Так, представитель прокуратуры был введен в состав губернского присутствия по крестьянским делам. Теперь прокурор осуществлял не только наблюдение за тюрьмами, но и практически принимал непосредственное участие в управлении ими. Впоследствии прокуроры вошли в состав практически всех губернских присутствий, которые представляли собой административные коллегиальные учреждения и состояли из губернских начальников различных ведомств. Прокурор участвовал в работе губернских присутствий по городским делам, воинским делам, фабричным делам, по земским делам и др., а также принимал участие в губернском правлении при освидетельствовании сумасшедших. Всего насчитывалось около тридцати таких присутствий, комитетов и комиссий. В 1887 г. прокуратура была привлечена к участию в составлении списков присяжных заседателей.

Со времени своего образования прокуратура осуществляла надзор по арестантским делам, за местами содержания заключенных под стражей. Губернские прокуроры были уполномочены следить за скорейшим разрешением арестантских дел и ревизовать смирительные и работные дома. Соблюдение правил о задержании под стражей закон возлагал на прокуроров, которые были обязаны при отсутствии постановления уполномоченных на то мест и лиц немедленно освободить неправильно лишенного свободы, а при содержании не в надлежащем месте заключения принять меры к восстановлению порядка. Чины прокурорского надзора не могли входить в обсуждение по существу того или другого постановления, они были обязаны лишь удостовериться в том, есть ли требуемое законом постановление о задержании под стражею и уполномочено ли вообще на это законом то лицо или место, по распоряжению которого находящийся под стражею задержан.

Рескриптом Александра III была учреждена во главе с генерал-прокурором Н.В. Муравьевым комиссия, которая в течение шести лет работала над проектом закона об усилении прокурорского надзора, о превращении прокуратуры в сугубо карательный орган.

Установленный Судебными уставами (с последующими изменениями и дополнениями) порядок деятельности прокурорского надзора в России сохранялся до октября 1917 г.: прокуратура России продолжала оставаться органом, верно служащим самодержавию, вплоть до ликвидации ее вместе с рухнувшим строем в 1917 г.