Жил в Тверской части во 2-м квартале, в приходе церкви Святых Бориса и Глеба на Средней Кисловке, в собственном доме под № 146. С 1863 по 1866 г. Якунчиков состоял выборным от московского купечества, а с 1866 г. – гласным общей городской думы, с 7 апреля 1871 г. – почетным членом коммерческого училища, с 6 мая 1870 г. – выборным Московского биржевого общества.

В молодые годы на средства, заработанные на откупах, он долго жил в Англии. А вернувшись в Москву, удачно женился (1854) на Екатерине Владимировне Алексеевой (1833–1858). Ее отец, видный московский купец Владимир Сергеевич Алексеев, был в родстве с купцами Сапожниковыми, Мамонтовыми. В недолгом первом браке – Якунчиков потерял жену в 1858 г. – у него родились сын Владимир (1857 г. р.) и две дочери. В 1861 г. он венчался с 18-летней Зинаидой Николаевной Мамонтовой. По словам современников, Василий Иванович был красив, любил музыку, сам играл на скрипке (на собственной Амати), хорошо знал английский язык, имел прекрасные манеры… Юная Зиночка влюбилась и, вопреки уговорам матери не выходить замуж за вдовца с тремя детьми, приняла его предложение руки и сердца. Девять детей во втором браке у Якунчиковых рождались один за другим, двое умерли вскоре после родов.

Якунчиков был одним из основателей Императорского Русского музыкального общества (ИРМО) и Московской консерватории, место для которой нашлось на Большой Никитской, неподалеку от его дома. Дом Якунчиковых стоял на Средней Кисловке (сейчас в нем размещается ГИТИС), и в нем в большой бальной зале часто проходили концерты знаменитостей, на которые собиралась вся культурная Москва.

Построив кирпичный завод на земле села Троицкого, В.И. Якунчиков обнаружил богатейшие залежи годных для изготовления кирпича суглинков и купил землю и в Троицком (у Андреева и у крестьян), и в Знаменском (у Меншикова), а если нельзя было купить, арендовал под глинище (у церкви или у крестьянского общества). Земли нужны были для кирпича. Усадьба, конечно, годилась для проживания, но в Черёмушках его семейство бывало редко, так как у Якунчикова было имение в Наре. Главный черёмушкинский дом – дворец! – он использовал для себя, а многочисленные флигели и разнообразные постройки, расположенные в парке, приспособил для сдачи внаем дачникам.

Однако вскоре на краю усадьбы за прудом, у дороги из села Зюзина, он построил еще один кирпичный завод. Он упомянут в 1896 г. в описании имения в Черёмушках: «В 2 верстах от Серпуховской заставы, владелец имения Василий Иванович Якунчиков, имение примыкает к заводу, из всех 125 дес. распахано 65 дес., остальное парк и в нем усадьба и несколько флигелей дач…»^>212

В 1890-х гг. В.И. Якунчиков пригласил для ремонта ветшающего дворца молодого и талантливого архитектора Ивана Владиславовича Жолтовского, который проездом в Иркутск, куда он в 1898 г., после окончания Петербургской академии художеств, собирался переехать работать, остановился в Москве и здесь получил приглашение преподавать в Строгановском училище. С тех пор И.В. Жолтовский жил в Москве.

Для будущего академика архитектуры (звание ему присвоили уже в 1909 г.) ремонт черёмушкинского дворца стал чуть ли не первой самостоятельной работой. Деревянные перекрытия были заменены на металлические, было устроено пароводяное отопление, водопровод, канализация, электричество – это требовалось для обеспечения во дворце городского комфорта. Все это вызвало даже некоторые изменения во внутренней планировке. Однако при реконструкции были сохранены и классицистический характер здания, и ценнейшие детали декора. В двухэтажном флигеле в саду установили автономный электрогенератор, чтобы обеспечить усадьбу электричеством, а купольный павильон («Грот» или «Ванный флигель») приспособили под библиотеку. Подпорными террасами с каменными лестницами и балюстрадами укрепили берег пруда.