Наконец, 18 июня 1863 года император Александр II утвердил новый Общий устав императорских российских университетов.

Согласно Уставу каждый университет в Российской империи должен был иметь 4 факультета: историко-филологический, физико-математический, юридический и медицинский. Лишь в Петербургском университете вместо медицинского факультета учреждался Восточный факультет. Ближайшее управление университетом принадлежало ректору. Университетское управление было представлено университетским Советом, Правлением университета, университетским судом и проректором или инспектором.

Ректор избирался раз в 4 года университетским Советом. Ректор имел право открывать и закрывать университетский Совет и Правление, где он сам и председательствовал. В обязанностях ректора состояло слежение за учебным процессом и порядком, делать выговоры и замечания, награждать отличившихся.

Профессора в университетах избирались. Сначала каждый член факультета выдвигал своего кандидата, потом в Факультетском Собрании рассматриваются их кандидатуры. После этого на университетском Совете происходили сами выборы. Профессоров утверждал Министр народного просвещения, а доцентов и лекторов – Попечитель учебного округа. Профессора, ушедшие на пенсию, могли с разрешения университетского Совета и попечителя учебным округом читать лекции в университете и пользоваться пособиями университета. Если профессор проработал в университете более 25 лет, то ему присуждалось звание Заслуженного профессора.

Студентом мог стать молодой человек, достигший 17-летнего возраста и окончивший гимназию или сдавший там экзамен и получивший об этом аттестат, а также окончивший высшее или среднее учебное заведение. Учёба на медицинском факультете длилась пять, а на других факультетах – четыре академических года. В случае, если студент совершал уголовное преступление, то его сначала отчислял университетский суд из университета, а потом дело направлялось в суд по уголовным делам.

Новый устав предоставил университетам больше самостоятельности в делах внутреннего управления и расширил возможности учёта местных условий для своего развития. Были созданы более благоприятные условия для научной и учебной деятельности, повысилась привлекательность преподавательской работы в университетах для молодых людей и так далее.

Реформа средней школы стала результатом компромисса между сторонниками классического и реального образования.

19 ноября 1864 года Александр II утвердил новый устав гимназий. Реформа провозглашала принцип общечеловеческого образования, равенства детей «всех состояний без различия звания и вероисповедания». Однако из-за высокой платы за обучение гимназическое образование было доступно детям преимущественно привилегированных и состоятельных сословий. Семиклассные гимназии были двух типов – классические и реальные, были также прогимназии с четырёхгодичным сроком обучения.

Гимназический устав 1864 года не только вводил формально бессословный принцип приёма и обучения в средних учебных заведениях – гимназиях, но и впервые создавал в стране две системы образования – классическую и реальную. В классических гимназиях было отдано предпочтение изучению гуманитарных дисциплин, особое внимание уделялось древним «классическим» языкам – латинскому и греческому. В реальных гимназиях не было древних языков, но более глубоко изучались точные и естественные науки, а также иностранные языки – немецкий и французский. Выпускники классических гимназий могли поступать в университет без экзаменов; выпускники реальных гимназий имели преимущественное право поступления в высшие технические учебные заведения, но их доступ в университеты был, по настоянию оппонентов министра народного просвещения Александра Васильевича Головнина, был ограничен.