Первый период – с 8 до 13 лет – включал в себя «приготовительное учение», то есть изучение общеобразовательных дисциплин, практической логики, первых понятий религии.

Второй период – с 13 до 18 лет – предусматривал «учение подробное», то есть систематический курс начал основных наук.

I. Науки антропологические, имеющие предметом человека: история, география, то есть этнография и статистика. Политика. Философия.

II. Науки онтологические, имеющие предметом вещь: математика. Естественная история и технология (физическая география). Физика.

Третий период – с 18 до 20 лет – «учение применительное», ориентированное на жизненную практику наследника престола, круг его «профессиональных» обязанностей. («План учения Его Императорского Высочества Государя Великого Князя Наследника Цесаревича Александра Николаевича» содержится в Приложении в конце книги).

Педагогическая система Жуковского была основана на методиках швейцарского педагога Иоганна Песталоцци (1746—1827 гг.), который одним из первых указал на значимость развивающего обучения, базирующегося не на мёртвых азбучных истинах, а на непосредственном наблюдении и размышлении ребёнка под руководством учителя. Также Жуковский применял такие принципы Песталоцци, как порядок и систематичность, дополняемые формированием интереса к дальнейшему обучению. Значительное место в программе обучения великого князя занимала свобода, толкуемая следующим образом: «свобода означает свободно и с удовольствием делать то, что велит долг». На втором этапе обучения большую роль играла наглядность – с применением пособий, включая физические приборы и минералогические образцы, а также интерактивность, учёт индивидуальных качеств воспитанника. Спецификой обучения Александра, являлась минимизация влияний прямых его обязанностей – военных и придворных. Они, конечно, были неизбежны, но, по мысли Жуковского, должны были быть согласованы со всей системой обучения. Императора Николая он просил сократить переезды наследника и его участие в придворных церемониях. Военные занятия должны были помещаться в каникулярное время. Государь пошёл навстречу наставнику, и личным волевым решением впервые отправил сына в военные лагеря в 11-летнем возрасте, а не в 9-летнем, как это практиковалось ранее.

Существенное место в «Плане обучения» занимало обучение истории как важнейшему предмету для политической деятельности государя. Жуковский называл историю – главной наукой, «сокровищницей царского просвещения» и лично преподавал её наследнику. Глубокое изучение истории, по мысли Жуковского, полностью соответствовало швейцарской педагогики и концепции Иоганна Мюллера (1752—1809 гг.), письма которого Жуковский опубликовал в переводе на русский язык. В исторических взглядах Мюллера Жуковский наиболее выделял идею истории как средства нравственного воспитания, а также верховенство закона, который сочетался с просвещённым автократическим правлением.

Преподавание истории для наследника начиналось с начального этапа, и для этих целей Жуковский составил подробный конспект объёмного труда Николая Михайловича Карамзина «История государства Российского», который включал ту часть сочинения Карамзина, которая была посвящена истории Руси с 1230-х годов до 1480 года, то есть борьбе против монгольского владычества. Как ключевые рассматривались темы: создание централизованного монархического государства и правление Петра Великого.

Для нужд работы с наследником Жуковский приобрёл 22-томное версальское издание Фенелона, опубликованное в 1822—1824 годах, «Начальный курс философии» Снелля, «Трактат об ощущениях» Кондильяка, «Проект воспитания и наставления принца» Эрнста Морица Арндта.