16 (28) февраля 1858 года Комитет был переименован в Главный комитет по крестьянскому делу, а с 21 февраля (5 марта) 1858 года его существование получило гласность.

Программа Главного комитета по крестьянскому делу была утверждена царём 21 апреля 1858 года.

Программа строилась на принципах рескрипта Александра II от 20 ноября 1857 года на имя виленского генерал-губернатора В. И. Назимова. Программа правительства предусматривала уничтожение личной зависимости крестьян при сохранении всей земли в собственности помещиков (вотчинная власть над крестьянами также, согласно документу, оставалась за помещиками); предоставление крестьянам определённого количества земли, за которую они обязаны будут платить оброк или отбывать барщину, и со временем – права выкупа крестьянских усадеб (жилой дом и хозяйственные постройки). Юридическая зависимость крестьян ликвидировалась не сразу, а только по истечении переходного периода (10 лет). В работе губернских комитетов по обсуждению реформы, согласно рескрипту Назимову, должны были участвовать: губернский предводитель дворянства, один выборный представитель дворянства от каждого уезда и два опытных и авторитетных помещика той же губернии. Общая комиссия должна была состоять из двух членов каждого из губернских комитетов по их выбору, одного опытного помещика из каждой губернии по назначению генерал-губернатора и одного члена министерства внутренних дел. Рескрипт был опубликован и разослан всем губернаторам страны. Дворянство, хотя и неохотно, но вынужденно было приступить к обсуждению реформы. В провинции с 1858 года стали открываться губернские комитеты. Первый открылся в Рязанской губернии, а последний – в Москве, так как московское дворянство противодействовало реформе больше всего. Внутри комитетов шла ожесточённая борьба за меры и формы уступок между либеральными и реакционными помещиками.

Боязнь всероссийского крестьянского бунта заставила правительство пойти на изменение правительственной программы крестьянской реформы, проекты которой неоднократно менялись в связи с подъёмом или спадом крестьянского движения.

4 декабря 1858 года была принята новая программа крестьянской реформы: предоставление крестьянам возможности выкупа земельного надела и создание органов крестьянского общественного управления. В отличие от предыдущей, эта программа была более радикальной, и к принятию её правительство во многом подтолкнули многочисленные крестьянские волнения.

Эта программа была разработана Яковом Ивановичем Ростовцевым. Основные положения новой программы были следующими: получение крестьянами личной свободы; обеспечение крестьян наделами земли (в постоянное пользование) с правом выкупа (специально для этого правительство выделяет крестьянам специальный кредит); утверждение переходного («срочнообязанного») состояния.

Для рассмотрения проектов губернских комитетов и разработки крестьянской реформы в конце марта 1859 года при Главном комитете были учреждены Редакционные комиссии для составления проекта общего положения об устройстве быта помещичьих крестьян. В период деятельности этих комиссий Главный комитет не имел влияния на составление проектов реформы.

Фактически существовала лишь одна комиссия под председательством Ростовцева. Работой Редакционных комиссий руководил Николай Алексеевич Милютин. Проект, составленный Редакционными комиссиями к августу 1859 года, отличался от предложенного губернскими комитетами увеличением земельных наделов и уменьшением повинностей.

В конце августа 1859 года были вызваны депутаты от 21 губернского комитета. В феврале 1860 года были вызваны депутаты от 24 губернских комитетов. «Второй созыв депутатов» оказался ещё более консервативным. Он настроен был окончательно затормозить дело отмены крепостного права.