Чтобы справиться с предполагаемой еврейской угрозой в Советском Союзе, были созданы четыре айнзатцгруппы (Einsatzgruppen). Подобные оперативные отряды службы безопасности (являвшиеся частью СС) и полиции ранее уже действовали во время аншлюса Австрии и вторжения в Польшу. Их задачей было, двигаясь за наступающими войсками, уничтожать «врагов государства». В Польше такие айнзатцгруппы, проводили террористические акции, в результате чего было убито около 15 000 поляков – в основном евреев и представителей интеллигенции. Но эта цифра – просто мелочь по сравнению с тем, что творили айнзатцгруппы в Советском Союзе.
Эти подразделения сеяли смерть, несоизмеримую по масштабам с их размерами. Айнзатцгруппа А, прикрепленная к группе армий «Север», была самой большой: в ее состав входило около 1000 человек. Оставшиеся три (B, C и D), прикрепленные к другим группам армий, имели в своем составе от 600 до 700 человек. Перед самым вторжением командиры айнзатцгрупп получили инструктаж о своих задачах у Гейдриха. Его приказы, прозвучавшие на этой встрече, позднее, 2 июля 1941 года, были упорядочены в виде директивы, в которой говорилось, что в задачи айнзатцгрупп входит истребление коммунистических деятелей, комиссаров и «евреев, находящихся на службе [большевистской] партии или государства». Навязчивая идея нацистов о существовании особой связи между иудаизмом и коммунизмом, таким образом, очень отчетливо просматривается в директиве Гейдриха.
С самых первых дней вторжения айнзатцгруппы шли за передовыми частями немецкой армии. Они быстро двигались вперед и уже 23 июня, всего через день после начала войны, Айнзатцгруппа А под командованием генерала полиции и бригаденфюрера СС доктора Вальтера Шталекера достигла литовского города Каунас. Как только айнзатцгруппа вошла в город, начались еврейские погромы. В директиве Гейдриха были следующие слова: «Ни в коем случае не предпринимать никаких шагов, способных помешать чисткам, которые могут быть устроены антикоммунистическими и антисемитскими элементами на новооккупированных территориях. Наоборот, такие выступления должны тайно поощряться». Эта инструкция ясно дает понять, что убийство «евреев, находящихся на службе большевицкой партии и советского государства» являлось обязательным минимумом, ожидаемым от айнзатцгрупп. Впоследствии Шталекер написал в своем отчете: «Наша задача состояла в том, чтобы начать эти погромы, направить их в нужном направлении и достичь поставленных целей по ликвидации в самое короткое время»>53. В Каунасе литовцы, которых немцы выпустили из тюрьмы, убивали евреев дубинками прямо на улицах города под благосклонным наблюдением немцев. На эти зверства собирались посмотреть толпы. Некоторые выкрикивали, подзадоривая убийц: «Бей евреев!» Когда эта бойня закончилась, один из убийц, взобравшись на груду трупов, взял аккордеон и заиграл литовский национальный гимн. Это была, без сомнения, именно такая акция, какие, по замыслу Гейдриха, его люди должны были «тайно поощрять».
Действуя в основном вдали от крупных городов, айнзатцгруппы добросовестно выполняли свою работу: они выискивали «евреев, которые состояли на службе большевицкой партии и советского государства» и убивали их. На деле это часто означало, что всех мужчин еврейской национальности в деревне или поселке попросту расстреливали. В конце концов, в соответствии с нацистской теорией, все еврейские мужчины в Советском Союзе в той или иной степени «были на службе партии или государства».