Впервые С. Л. Рубинштейн в этих статьях рассматривает проблемы методологии науки и приводит философское и одновременно науковедческое различение знания и науки, выявляет соотношение идеального понятийно-логического и действительного объекта исследования, дает определение путей преодоления эмпиризма познания, определение развития познания, он прослеживает способы установления им связей понятий и категорий. При анализе наиболее перспективных областей современного ему знания (прежде всего, теории относительности) Рубинштейн выявлял его философско-методологические характеристики, которые подтверждали бы и его определение сущности метода при решении задач конкретных наук, и одновременно критерии самой науки. Он ставил задачу проанализировать проблемы собственно логики науки, подразумевая при этом не формальные логические законы, а способы установления наукой таких конкретных сфер (объектов) и таких задач исследования, которые для них действительно правомерны, являются необходимыми и достаточными, потому что ведут к открытию новых закономерностей, т. е. содержательных научных проблем, а не только оформлению готовых результатов. Центральной для него является дилемма, с одной стороны, универсальность, определенность формул науки и потому их неизменность как знаний, безотносительность и к познавательному процессу, и к получению нового в процессе познания, с другой – развитие познания, получение знаний о новом, а тем самым невозможность целиком опираться на универсальные готовые логические формулы.

Другой ключевой проблемой становится анализ соотношения точных и гуманитарных наук в контексте поиска Марбургской неокантианской школой единого метода. Этот круг идей разрабатывается в статьях: «Заметки по методологии истории и общественных наук», «Размышления о науке», «Наука и действительность», из которых последняя представляет два варианта проспекта книги, над которой работал в эти годы С. Л. Рубинштейн, и ее краткое содержание.

В первой же главе – в статье «Наука и действительность» – он ставит проблему объективности научного познания «в отличие от субъективности нашего знания», которая обеспечивается, как он это доказывает, методологически. Под объективностью он имеет в виду принцип целостности и завершенности системы. Свое доказательство он формулирует так: «Наука определяется как система, в которой каждый элемент определен своим отношением к другим элементам системы. Конструктивность самого содержания знания выражается в том, что элементы его определяются своим отношением друг к другу. Необходимо изменять не „точку зрения“ на данное содержание, а трансформировать само содержание, как делал Эйнштейн (меняя самые законы), а не как Мах (меняя только существующую на них точку зрения)».

В статье «Наука и действительность» это определение раскрывается через множество проблем, которые и стали впоследствии предметом осмысления С. Л. Рубинштейна. Если речь идет о системе знания, то это, согласно современной терминологии, уже совокупность идеальных объектов, т. е. теоретических, понятийных, категориальных, в которых объекты самой действительности уже преобразованы. Но чтобы эта система не была чисто абстрактной, умозрительной, как говорит Маркс, представляясь иногда даже априорной конструкцией, первоначально наука должна идти не от изучения действительности в ее непосредственной данности, а от такого целенаправленного восприятия эмпирических явлений, которые уже гипотетически преобразованы так, что в понятиях и тем более в связях, отношениях между ними будет в будущем найдено нечто закономерное. Иными словами, восприятие уже должно быть исследованием, опирающимся на гипотезу, в свою очередь определяющую