К особенностям систем корпоративного налогообложения можно также отнести возможность формирования групп компаний, т. е. возникновения консолидированного налогоплательщика. Условие формирования такой группы – полный либо квалифицированный контроль в рамках холдинга. Последствием формирования группы может стать «игнорирование» сделок внутри такой группы для целей корпоративного налога, взаимный перенос и зачет прибылей и убытков между компаниями, подача единой налоговой декларации, а также сложные правила выхода из группы консолидированного налогоплательщика.

Соотношение между налогообложением прибыли компаний и дивидендным доходом акционеров порождает дискуссионные вопросы, особенно в трансграничных ситуациях. В основном налогообложение дивидендов различается в случае прямых и портфельных инвестиций. Прямые инвестиции означают значительную (часто контрольную) долю инвестора в капитале компании, достаточную для управленческого влияния. Портфельная инвестиция, как правило, незначительная и не направлена на участие в управлении компанией. Различия в регулировании между данными типами инвестиций проходят не только в налогообложении, но и в иных отраслях законодательства и коммерческой практике государств, например, в области антимонопольных правил, регулирования сделок слияний и поглощений, инвестиционной деятельности, банковской и финансовой отрасли, а также в бухгалтерском учете. Определения прямой или портфельной инвестиции обычно даются с помощью указания процентной доли участия в капитале или контроле определенного количества голосов при принятии решений. Инвестиция, представленная долей участия размером более 10 или 25 % (в зависимости от страны) определяется как прямая инвестиция. Модельная Конвенция ОЭСР использует критерий 25 %-го владения в капитале, однако во многих двусторонних налоговых соглашениях используется критерий 10 %-го владения (это характерно для налоговых соглашений Великобритании, Австралии и США). Как правило, доходы от прямых инвестиций имеют более благоприятное налоговое регулирование, т. е. такие доходы облагаются по более низким ставкам.

Самая простая и наиболее распространенная система корпоративного налогообложения компаний и их акционеров – двухуровневая, когда компания облагается налогом в отношении своей прибыли, а распределяемые дивиденды облагаются налогом в составе прибыли или дохода акционера без учета налогов, уплаченных самой компанией. В этом не случае доходы корпорации не подлежат налогообложению на уровне ее владельцев (участников, акционеров). В так называемых классических системах налогообложения корпораций происходит экономическое двойное налогообложение: прибыль корпорации облагается дважды – сначала на уровне самой корпорации, а затем на уровне ее акционеров (физических и юридических лиц), но уже в форме налогов на дивиденды при их распределении. Эффект внутреннего двойного налогообложения может нивелироваться в национальных налоговых системах при применении механизмов налоговых зачетов и освобождений, которые одновременно играют важную роль в международном налогообложении.

Многие страны отошли в 80-е и 90-е годы 20-го века от раздельной системы из-за ее очевидного недостатка (двойного налогообложения корпоративной прибыли), внедрив так называемую интегрированную систему (integration system). В таких системах присутствует тот или иной механизм устранения внутреннего двойного налогообложения. Признаки таких механизмов могут проявляться в виде правил и норм национального законодательства, например: