С самого начала философствование Шеллинга в его отдельных работах не было построением системы на основе предварительного знакомства с совокупностью прежних достижений, а скорее непосредственным усвоением и преобразованием философем отдельных мыслителей; поэтому, чем больше расширялись его исследования, тем больше его мышлению недоставало принципа и системы.

Отдельные мистические мотивы встречаются уже в «Лекциях об академическом изучении». Мистицизм, связанный с неоплатонизмом, а затем и с положениями Якоба Бёме, начинает набирать силу в сочинении «Философия и религия» (Тюбинген, 1804), вызванном работой Эшенмайера «Философия в её переходе к не-философии» (Эрланген, 1803), где Эшенмайер, подобно Якоби, требует выхода за пределы философского мышления к религиозной вере. В этой работе Шеллинг объявляет конечность и телесность продуктом отпадения от абсолютного, а само это отпадение, примирение которого есть конечная цель истории, – средством совершенного откровения Бога. Однако здесь можно обнаружить лишь зачатки его позднейшей позиции.

Трактат «О соотношении реального и идеального в природе» (упомянутый выше, приложенный ко 2-му изд. сочинения «О мировой душе»), а также работа «Изложение истинного соотношения натурфилософии к усовершенствованному учению Фихте» (Тюбинген, 1806) и натурфилософские статьи в «Ежегодниках медицины как науки» (Тюбинген, 1806—1808), издававшихся А. Ф. Маркусом и Шеллингом, наряду с теософскими элементами всё ещё демонстрируют прежний круг идей.

Прекрасное развитие и углубление мыслей, высказанных в ранних работах о красоте и искусстве, содержит торжественная речь «Об отношении изобразительных искусств к природе» (1807), включённая в «Философские сочинения» (Ландсхут, 1809). В ней последней целью искусства объявляется уничтожение формы через её совершенство: как природа в своих элементарных образованиях сначала действует в направлении твёрдости и замкнутости и лишь в своём завершении предстаёт как высшая мягкость, так и художник, подражающий природе как вечно творящей первосиле и представляющий её продукты согласно их вечному понятию, начертанному в бесконечном разуме, в момент их совершенного бытия, должен сначала быть верным и истинным в ограниченном, чтобы явиться совершенным и прекрасным в целом и через всё более высокое соединение и окончательное слияние многообразных форм достигнуть высшей красоты в образованиях величайшей простоты при бесконечном содержании.

Теософия преобладает (отчасти вследствие растущего влияния Франца Баадера, приверженца учения Якоба Бёме и Сен-Мартена) в философских исследованиях о сущности человеческой свободы и связанных с ней предметах», которые впервые были опубликованы в «Философских сочинениях», Ландсхут, 1809. Шеллинг придерживается принципа, что высшие понятия должны быть доступны ясному разумному постижению, ибо только таким образом они могут стать по-настоящему нашими, усвоенными нами и вечно утверждёнными. Он также, подобно Лессингу, считает абсолютно необходимым преобразование откровенных истин в разумные истины, если человечеству должно быть этим оказано содействие.

Для этой цели он выделяет в Боге три момента:

1. Безразличие (индифферентность), первооснову или безосновность (Ungrund),

2. Раздвоение на основу и существование,

3. Тождество или примирение разделённого.

Безосновность или индифферентность, в которой ещё нет личности, является лишь исходной точкой божественного существа – тем, что в Боге не есть Он Сам, непостижимой основой реальности. В ней коренится несовершенное и злое, присущее конечным вещам. Все природные существа обладают лишь бытием в основе или в изначальном стремлении, ещё не достигшем единства с разумом, и потому по отношению к Богу являются лишь периферийными существами. Только человек пребывает в Боге, и именно благодаря этому «в-Боге-бытию» он способен к свободе.