Рекомендации Шри Кришнамачарьи по достижению физического, умственного и духовного здоровья основывались на пульсовой диагностике, аюрведе и йогической системе оздоровления Натхамуни. Истоки его целительских способностей кроются в той среде, в которой он вырос, и первые советы по лечению диабета и других болезней он получил от отца. Шри Кришнамачарья ясно понимал, что ему необходимо хорошо разбираться в медицине, поэтому он побывал в Бенгалии, где учился у известного целителя Кришны Кумара. Также он умел получать важнейшую информацию о состоянии человека, исходя из пульса. Это знание он перенял от мастеров и из древних текстов: кто бы ни обращался к нему за помощью, прежде всего он проверял пульс. Дело в том, что практика йоги воздействует на нади (энергетические каналы тела), что отражается на частоте сердцебиения, которая показывает, как строить последующую практику. В целом, для улучшения здоровья и увеличения продолжительности жизни следует замедлять пульс.

Тем не менее, Шри Кришнамачарья пренебрегал техниками шаткрийи – шесть способов внешнего и внутреннего очищения тела от загрязнений. Неизменно предписанные аюрведой для подготовки к любому лечению, они рекомендуются в «Хатха-йога-прадипике» для подготовки к соблюдению моральных требований ямы и ниямы. Шри Кришнамачарья не видел в них особой необходимости, поскольку при правильно построенной практике асан и пранаямы, в совокупности с внимательным отношением к выбору пищи, дополнительное очищение не требуется. Данные техники получили разработку в других течениях хатха-йоги, особенно в школах Дхирендры Брахмачари и Шри Йогендры. Несмотря на полное отсутствие столь важного аспекта терапевтической практики, лечение методами аюрведы и йоги стало важнейшим направлением в последний период деятельности Шри Кришнамачарьи. Поскольку на протяжении всей жизни к нему обращались люди, страдавшие от всевозможных болезней, продолжением этой составляющей его биографии выступает текущий прием больных в Кришнамачарья-йога-мандире.

Шри Кришнамачарья был признанным «профессионалом» в йоге, окруженный более или менее серьезными продолжателями его дела. При наличии множества последователей неизбежно возникает характерная черта дилетантизма, – игнорирование дифференциации внутренней структуры. Другая крайность, которая часто совпадает с первой, состоит в допущении самоопределения для каждого, кто объявляет себя причастным традиции. В итоге, складывается внешнее впечатление, что за общими фразами «йоги считают», «в йоге принято» скрывается вседозволенность создавать собственную йогу, вовсе не считаясь с объективными законами развития. Тогда традиция воспринимается со стороны как нечто однородное и в то же время совершенно хаотичное, «кишащее» яркими и не слишком яркими личностями. Но нет йоги вообще и нет «йоги Шри Кришнамачарьи», подобно тому как нет ни философии как таковой, ни «своей» философии, даже «философии Гегеля». Перед человеком, желающим чего-то достичь, встает проблема определить, какие существуют варианты формулировки цели и способы их достижения. Поэтому ему приходится начинать со структурирования, точнее, постижения структуры традиции в целом, а при выделении элементов неизбежно оказывается, что вычленить их едва ли возможно, и нужно налаживать связи.