В 1503 году между султаном, венецианцами и этими различными союзниками был подписан мирный договор, который главным образом подтвердил существующий статус-кво. Но война снизила морскую мощь Венеции к выгоде турецкого флота, который после этого стал осуществлять активные рейды не только на восточные, но и на западные берега Средиземноморья. Здесь их приветствовали, как «морских гази», мусульмане Испании и Северной Африки. В то же время Баязид в больших масштабах поощрял торговую и экономическую экспансию своей империи, выгодно торгуя с купцами итальянских государств и поощряя иммиграцию в свои владения новых групп евреев, которых в конце XV века изгоняли из Испании.

В это времен у турок возникли проблемы в Азии с туркоманскими кочевниками – беспокойными племенами, которые с незапамятных времен скитались по пограничным областям Анатолии. Теперь они, благодаря подстрекательству из-за сирийской и персидской границ, постоянно бунтовали против центральной власти. В ходе шести последовательных ежегодных военных операций османы сражались за господство над ними против сил мамлюкского султана в Сирии, и мир был достигнут только ценой османских пограничных уступок мамлюкам.

Недовольство туркоманов возникло из-за введения по мере развития империи власти централизованной администрации, которая стремилась установить над ними контроль и обложить налогом, ограничив их прежнюю племенную автономию и защищая оседлое сельскохозяйственное население от их разрушительных набегов. Носившие красные шапки и известные с тех пор как кызылбаши, или «красноголовые», они были религиозными еретиками. В пограничных регионах Персии их всячески поддерживало духовное и политическое руководство Исмаила, нового правителя, который в 1502 году провозгласил себя персидским шахом. Унаследовав амбиции Узун-Гасана и племенные связи «белобаранных», Исмаил последовал его примеру, ища союза с Венецией, и сам возглавлял набеги на османскую территорию. Тем временем мятежные силы кызылбашей, действуя от его имени, дошли до стен Бурсы, где в сражении погиб великий визирь Баязида Али-паша. Исмаил утверждал, что является прямым потомком Пророка по линии зятя Мухаммеда – Али, и провозгласил официальной религией государства шиизм – ветвь ислама, которая поддерживала законность претензий Али на халифат и к которой (с ее мистицизмом и созерцательностью) народ Персии был особенно привязан. В отличие от шиизма суннитский ислам, который поддерживал претензии рода Омейядов и который был господствующей верой исламского общества, с тех пор стал именоваться ортодоксальным.

Исмаил приобрел известность как великий суфи, а его неортодоксальные верования завоевали широкую поддержку во всей Восточной и Южной Анатолии. Сам Баязид, склонный к мистике, продемонстрировал некоторую симпатию к философским доктринам суфизма. Но ему пришлось отказаться от него, когда суфизм стал использоваться иностранным монархом в качестве инструмента политической подрывной деятельности в его собственных границах. Османские армии выступили против Исмаила, хотя и не вынудили его принять сражение. Но его приход к власти не мог не стать причиной нового конфликта в Османской династии, на этот раз имеющего религиозный характер. Из троих остававшихся в живых сыновей султана – все они управляли провинциями – младший, Селим, был самым энергичным и воинственным, не похожим на отца, но напоминающим деда, Завоевателя. Любимцем Баязида был его второй сын, Ахмед, таланты которого лежали скорее в области управления.

Селим, знавший, что здоровье Баязида слабое, и исполненный решимости претендовать на трон, нанес визит в Стамбул, где заручился поддержкой янычар, ныне недовольных военной бездеятельностью Баязида и вытекающей из этого невозможностью для них пользоваться материальными плодами завоеваний. Однако пока еще Баязид оказался в состоянии помешать младшему сыну и продолжал при поддержке чиновников действовать в пользу Ахмеда. Селим бежал в Крым, где губернатором был его сын Сулейман, будущий великий султан. Здесь он собрал новую армию, обошел с севера Черное море и захватил Адрианополь. Тем временем Ахмед в Анатолии стал еретиком, облачился в красную шапку кызылбашей и собрал войско, чтобы взять Бурсу. Тем самым он пожертвовал поддержкой отца. Селим, договорившись с янычарами, направился с отрядом к Стамбулу, и там Баязид согласился отречься от престола в его пользу. После передачи младшему сыну имперского скипетра смещенный султан попросил разрешения удалиться на родину, в Димотику, но скончался по пути, возможно, был отравлен по приказу сына.