Помимо этого при дворе Адрианополя Мехмед обучался ведению государственных дел. Этим с ним занимался отец, а после его возвращения в Азию – великий визирь и его окружение. Мехмед, высокомерный и развитой не по годам, в своих отношениях с Халилом довольно скоро проявил надменную решимость идти своим путем. Вскоре после отъезда Мурада сын вызвал в Адрианополе беспокойство своей явной поддержкой еретического религиозного движения в лице персидского миссионера, лидера секты дервишей, которая проповедовала, в числе других неортодоксальных взглядов, духовное родство ислама и христианства. Мехмеду пришлись по душе экзальтированные идеи проповедника. Он привечал его при своем дворе и тем самым существенно помог проповеднику найти восприимчивую аудиторию среди жителей города.

Это вызвало тревогу и негодование религиозной верхушки, возглавляемой великим муфтием, и великого визиря Халила, который был мусульманином старой школы. Застав перса в момент произнесения ересей, они задержали его. Но проповедник бежал и укрылся у Мехмеда во дворце султана. Мехмеду, однако, пришлось выдать своего протеже муфтию, который так яростно осудил еретика с кафедры мечети и настолько возбудил чувства толпы, что люди сожгли проповедника, привязанного к столбу, причем муфтий даже опалил свою бороду, слишком близко подойдя к костру. Последователи еретика тоже были уничтожены. Инцидент обнаружил у Мехмеда пристрастие к персам и к неортодоксальным взглядам, что было характерно для его пытливого ума, но чревато опасными последствиями в будущем. Плохое начало во взаимоотношениях юного наследника с османским религиозным и гражданским истеблишментом было ударом по самолюбию молодого человека, посеявшим в его душе семена горькой обиды. Халилу он этого так и не простил. У Мехмеда, с детства замкнутого по характеру, такие кризисы лишь усиливали чувство отчужденности от всех.

Скоро это обстоятельство стало фактором, способствовавшим началу восстания янычар. Преданные и исполненные уважения к своему признанному господину, Мураду, они с негодованием отнеслись к необходимости получения приказов от его неопытного, юного, но властного сына. Янычары потребовали прибавки к жалованью. Получив отказ, они поднялись против юного наследника, устроив поджог. Пожар распространился по Адрианополю, уничтожив кварталы в районе базара. За ним последовали грабежи и резня. Главным объектом их враждебности был личный советник Мехмеда, евнух Шихабеддин-паша, который был вынужден искать убежища во дворце. В конце концов, чтобы умиротворить янычар, прибавка к жалованью была разрешена.

Этот эпизод, однако, расширил брешь между Халилом и Мехмедом и стал симптомом появления нового источника конфликта, который быстро разрастался после проведенной Мурадом реорганизации системы вербовки янычар и распространения принципа набора христиан для выполнения не только военных, но и гражданских обязанностей. Это не могло не привести к развитию института управления, в котором христианские вероотступники, одним из которых был Шихабеддин, могли подниматься до высших государственных постов. Все чаще христиане возвышались за счет знатных правящих мусульманских родов, которые, как заявил Халил Чандарлы, обнаруживали себя исключенными из системы власти. Именно Халил мог поощрить это восстание янычар против Шихабеддина с целью утвердить собственную власть и преподать урок юному Мехмеду. Здесь мы видим суть конфликта между старым и новым, между традиционным мусульманином и ренегатом-христианином, который теперь стал разъединяющей силой в административном аппарате империи. Представляется, что он мог повлиять на решение Мурада уйти со сцены, предоставив Халилу решать проблему, в которую султан предпочел не вмешиваться лично.