Надо сказать, что следствие с самого начала было поставлено в определенные рамки. Как писал 9 марта 1906 г. исполнявший должность начальника ГМШ контр-адмирал А.А. Вирениус адмиралу И.М. Дикову: «…Морской министр просит разбор дела о Цусимском бое начать с момента ухода эскадры с острова Мадагаскара»[28]. Такой подход позволял не касаться причин длительной задержки эскадры, против которой неоднократно выступал вице-адмирал З.П. Рожественский, настаивавший на скорейшем движении вперед, и снимал часть ответственности за поражение с центрального аппарата Морского министерства, а также оставлял за рамками следствия все обстоятельства, связанные с попытками приобрести боевые корабли у стран Латинской Америки.

Заметим, что вне установленных хронологических рамок оказалось совещание 11 декабря 1904 г. во дворце генерал-адмирала, согласно протоколу которого сам великий князь Алексей Александрович и главный командир флота и портов и начальник морской обороны Балтийского моря вице-адмирал А.А. Бирилев считали нецелесообразным задерживать З.П. Рожественского на Мадагаскаре, тогда как великий князь Александр Михайлович, при некоторой поддержке вице-адмирала Ф.В. Дубасова, настаивал на том, что 2-я Тихоокеанская эскадра слабее японского флота и нуждается в усилении, почему ее не следует отправлять в дальнейшее плавание до присоединения подкреплений[29].

Таким образом, следствие изначально ставило командующего 2-й Тихоокеанской эскадрой в невыгодное положение. Что касается офицеров броненосца «Орел», то по отношению к ним была проявлена разумная снисходительность. Император Николай II, видимо, по докладу занявшего должность морского министра А. А. Бирилева, исключив 22 августа 1905 г. из службы, с лишением чинов, Н.И. Небогатова и командиров броненосцев береговой обороны С.И. Григорьева и Н.Г. Яншина, вопрос о таких же мерах по отношению к К. Л. Шведе повелел отложить до выяснения обстоятельств.

Позднее, 22 февраля 1906 г., Следственная комиссия своим постановлением ходатайствовала о «полном освобождении от следствия и суда» раненых – лейтенантов Ф.П. Шамшева, Л.В. Ларионова, К.П. Славинского, мичманов О.А. Щербачева, A. Д. Бубнова, князя Я.К. Туманова. 27 февраля император соизволил удовлетворить это ходатайство. Спустя месяц, 22 марта, аналогичное постановление, которое также было удовлетворено, комиссия вынесла в отношении лейтенантов И.Н. Никанова и B. А. Саткевича.

Нижние чины броненосца оказались в еще более выигрышном положении, так как согласно приказу морского министра Главное военно-морское судное управление еще 30 сентября 1905 г. ориентировало Следственную комиссию: «…Преступные же деяния нижних чинов после спуска пред неприятелем флага или во время плена оставлять без расследования, как учиненные лицами, не принадлежащими к составу российского флота»[30]. По этой причине на допросах практически все они выступали как свидетели. Надо сказать, что в подавляющем большинстве показания нижних чинов, сохранившиеся в фондах РГАВМФ, весьма лаконичны и малоинформативны, поэтому в настоящей публикации предпочтение отдано дневникам.

В ходе следствия, с целью уточнения тех или иных обстоятельств, некоторых офицеров «Орла» допрашивали повторно. В частности, Г.М. Рюмина 18 и 23 января, затем 9 февраля 1906 года, К.Л. Шведе 3 февраля и 18 апреля, И.И. Парфенова 8 февраля и 18 апреля, Ф.П. Шамшева 9 и 17 февраля, О.А. Щербачева 15 февраля и 1 мая. В основном это было вызвано необходимостью разобраться с показаниями нижних чинов, которые, как можно понять, искажали действия и слова офицеров. Высказываясь по этому поводу 25 апреля 1906 года, ревизор броненосца, лейтенант С.Н. Бурнашев подчеркивал в показаниях нижних чинов «сплошную неправду, за исключением нескольких фактов, но освещенных совершенно неправильно», И.И. Парфенов 18 апреля также опровергал показания нижних чинов, а К. Л. Шведе в тот же день так пытался объяснить данное явление: «Вообще, я полагаю, что показания нижних чинов, не имеющие общего с истиной, могли возникнуть по той причине, что люди эти, боясь ответственности за прежние свои поступки, думают, что своими показаниями могут чего-нибудь достигнуть, если навредят кому-либо»