Но были и достойные игры с сильными соперниками. На выезде «Энергия» с минимальным счетом проиграла ижевскому «Газовику», второму призеру чемпионата (0:1), а дома с этим соперником сыграла вничью (0:0). Были и уверенные победы. Например, со счетом 4:0 был разгромлен саранский «Биохимик-Мордовия». В итоге футбольный 1992 год «Энергия» завершила на 13-м месте из 18 участников.

В следующем сезоне «Энергия» заняла 15-е место, но в чемпионате выступало 22 коллектива, и этот результат никак нельзя было считать шагом назад. Тем не менее, после реформы чемпионата чайковской команде сезон 1994 года пришлось начинать в третьей лиге. Тогда «Энергия» заняла 6-е место, а через год, выиграв турнир, вернулась во вторую лигу.

В 1995 году из 14 участников главным соперником «Энергии» был амбициозный пермский «Амкар», начинавший свои первые шаги в большом футболе. В личных поединках между ними сильнее были футболисты из Перми (0:0, 3:0), но в итоге чайковская команда на два очка опередила земляков-пермяков. Амкаровцы также получили путевку на следующий сезон во вторую лигу.

В сезоне 1996 года соперниками «Энергии» была 21 команда. Чайковский коллектив с 44 набранными очками занял 14-е место, тогда как «Амкар» набрал аж 93 очка и вошел в тройку призеров. Заметно прибавили чайковцы в следующем сезоне. В ее составе своей игрой выделялись такие игроки, как Сергей Яковенко, Юрий Хайрулин, Николай Зиновьев, Вячеслав Проценко, Владимир Филимонов, Дмитрий Шадрин и другие.

«Энергия» часто одерживала крупные победы. Так, дважды был разгромлен ижевский «Зенит» (6:1 и 5:1), со счетом 4:0 были побеждены тверская «Волга», курганский «Тобол» и павловское «Торпедо». Конечно, в Чайковском ревностно относились к выступлению «Амкара», который набирал всё большие обороты. Не удалось его победить и в том сезоне (1:1, 0:2). В итоге пермская команда, набрав 83 очка, заняла 2-е место, а «Энергия» с 76 очками стала четвертой.

Удачным сложился для «Энергии» и 1998 год, в котором команда повторила свой прошлогодний результат. На домашнем поле были сокрушены каменск-уральский «Трубник» (6:1), бугурсланский «Нефтяник» (5:0), нижневартовский «Самотлор» и свердловский «Уралмаш» (4:0), по три безответных мяча получили в свои ворота курганский «Тобол» и нижнетагильский «Уралец». На выезде были биты оренбургский «Газовик» (3:1), курганский «Тобол» (5:1) и ижевский «Зенит» (3:0). Но не обошлось и без обидных поражений. Так, дома была проиграна встреча новотроицкой «Носте» (0:1), а на выезде и вовсе вышел конфуз – 0:4. Обидное поражение чайковская команда потерпела и в Стерлитамаке от «Содовика» – 0:3.

В 2000 году в клубе возникла критическая финансовая ситуация. Заканчивался первый круг чемпионата, а «Энергия» никак не могла внести вторую часть заявочного взноса на участие в турнире. К тому времени команда находилась во второй половине турнирной таблицы. Конечно, уже с того сезона чайковцы ни о каком усилении своего состава не думали, была одна мысль – выжить, сохранить профессиональный статус.

Порой команда выдавала довольно хорошую игру, от нее доставалось лидерам турнира, которые рассчитывали разжиться очками в играх с «Энергией», но вовсе их теряли. Удивительно, но чайковцы в том сезоне особенно хороши были в выездных играх. Команде была присуща контратакующая игра, которая строилась на сильных качествах нападающих, хотя их нельзя было назвать яркими индивидуальностями. Для такой игры требуется свободное пространство, и оно неизбежно возникало в гостевых встречах.

По итогам сезона лучшими бомбардирами команды стали сразу 6 футболистов, которые забили по шесть голов.