Еще один современный методологический подход в психологических исследованиях – системно-эволюционный, который находит свое отражение в различных областях психологии, в том числе клинической и специальной психологии. Значимость его связана с проблемой взаимодействия науки и образования. Системный подход давно присутствует в теориях, моделях психологии, оказывает влияние на формирование образовательных программ.

При этом в разные временные периоды системный подход понимался авторами различным образом. Так, А. Р. Лурия и его соратники, опиравшиеся на идеи Л. С. Выготского и Н. А. Бернштейна, работали в рамках данного подхода. Ученые, описывая локальное поражение мозговой структуры, делали выводы о симптомах, а не о функциях. Это сближает теорию А. Р. Лурии с теорией функциональных систем в части понимания функции как системы. По А. Р. Лурии, мозговые системы являются структурами, которые наделены специфическими, присущими только им функциями. Такой подход оказал заметное влияние на практику диагностики поражения мозга, но он не дает понимания роли мозга в функционировании психики и поведения.

Другой системный подход, разрабатываемый школой П. К. Анохина, а именно теория функциональных систем, сыграл важную роль в осмыслении психического и органического. В данной теории установлен системообразующий фактор, который, являясь компонентом системы, ограничивает степени свободы ее элементов, обеспечивая упорядоченность взаимодействия, при этом он создает условия для анализа разных объектов и ситуаций вне конкретного контекста. Таким образом, П. К. Анохину удалось решить «временной парадокс», использовав понятие будущего результата – цели, которая является детерминантой. Представления об акцепторе результатов действия, формируемые до реального появления результата и содержащие прогнозируемые параметры, позволяют оценивать систему вне времени. В работах П. К. Анохина изучаются не «функции» отдельных органов или структур мозга в их традиционном понимании, а их взаимодействие и организация целостного взаимовлияния человека со средой в процессе достижения цели. С этой позиции под функциональной системой П. К. Анохин понимает «…комплекс таких избирательно вовлеченных компонентов, у которых взаимодействие и взаимоотношение приобретает характер взаимосодействия компонентов, направленного на получение результата» [Александров, 2009].

Существуют специальные системные механизмы, такие, например, как афферентный синтез, которые позволяют отсечь избыточные степени свободы. При этом принятие решения завершается формированием акцептора результатов действия.

Научная школа П. К. Анохина получила развитие в нескольких современных направлениях, в частности в разработке фундаментальных проблем психофизиологии под руководством В. Б. Швыркова. В этой ветви исследований, которую можно назвать системной психофизиологией, изучаются закономерности формирования и реализации систем, динамика межсистемных отношений в поведении и деятельности. Исследователями данного направления решена психофизиологическая проблема, которая заключается в эмерджентности психического, т. е. проявлении на уровне психического тех качеств, которых нет у физиологического. Решение выводится из представления о качественной специфичности, эмерджентности системных процессов, в которых для достижения результатов поведения организуются частные, локальные физиологические процессы. Эта теоретическая проблема хорошо видна на примере единой концепции сознания и эмоций. «Психика в рамках этого представления рассматривается как субъективное отражение объективного соотношения организма и среды, а ее структура – как система взаимосвязанных функциональных систем. Изучение этой структуры есть изучение субъективного, психического отражения» [Александров, 2009, с. 35].