Продолжая свою торговую экспансию, Новгород стал одним из крупнейших торговых центров не только самой Руси, но и всей средневековой Европы. Сам город как бы стал передаточным звеном торговли Запада и Востока. В нём находились многочисленные склады для товаров, а в самом городе существовал так называемый «Немецкий двор» для купцов Ганзы. Ещё в конце XII века, примерно в 1197 году купцы Великого Новгорода проникли в Сибирь, в устье реки Оби.

Напряжённой была культурная жизнь города, которая окрашивалась по тогдашней системе ценностей в религиозные тона. В начале XV века в Новгороде, под влиянием западноевропейских ересей, появились свои религиозные движения – ереси «жидовствующих» и «стригольников». Первая ересь, сторонником которой был архиепископ Геннадий, через латинское издание библии перевели на церковнославянский ветхий завет. «Стригольники» явились, в определённом смысле, предтечей баптистов по своей программе. Всё это говорит о напряжённой духовной жизни жителей Новгорода, происходящей в контексте развития средневековой европейской культуры.

Тем не менее, будучи гораздо выше по уровню социального развития, чем Москва, Новгород проиграл политическую борьбу. Отечественные историки считают в своих работах, что это произошло от измены православию, из-за контактов с католической Литвой, в союз с которой хотел вступить Новгород во второй половине XV века. Но в это историческое время католичество ещё не захватило власть в Великом княжестве Литовском и окатоличиванию подвергались только этнические литовцы, а большинство населения княжества тогда составляли православные русичи. Уния с князем Литвы позволяло Новгороду продолжить процесс контактов с зарождавшейся на Западе культурой Возрождения. В то же время (в 1470 гг.) Московский князь всё ещё оставался, пусть и формально, агентом Золотой Орды.

Но в Новгороде шла яростная внутренняя борьба, и большая часть простого народа, так называемая «чадь», а подчас и просто охлократическая чернь, стала высказывать свои симпатии московскому князю, как противнику богатых бояр, которых можно было бы в ходе борьбы ограбить. Богатые же горожане составили так называемую «пролитовскую» партию, во главе которой негласно стояла женщина – Марфа Посадница. В 1470 году эта группа горожан одержала верх на Вече, и в соответствии со старым, не отменённым обычаем, пригласила в Новгород на княжение киевского князя Михаила Олельковича, русского князя, но вассала Великого княжества Литовского.

На следующий год возникли традиционные пограничные споры между Новгородом и Псковом. Московский князь Иван III воспользовался им, как предлогом, и послал в помощь Пскову войско, в основном состоявшее из касимовских татар. В 1471 году состоялась битва между новгородцами и москвичами на реке Щелонь. Московский воевода Даниил Холмский поступил в старых традициях Золотой Орды. Послал новгородскому архиепископу бочонок с золотом накануне битвы. В решающий период сражения кавалерийский полк новгородского архиепископа не вступил в бой. Битва была проиграна новгородцами. В итоге последние вынуждены были заплатить Московскому князю 15 тысяч рублей контрибуции и обязались отказаться от союза с Литвой. Формально независимость Новгорода сохранялась.

В 1477 году от промосковской партии к Ивану III прибыло посольство, с жалобами на бояр. В ходе беседы новгородские агенты Москвы назвали Московского князя «государём». То есть в тогдашнем понимании хозяином, а не «господином» – главой суверенного государства. Реакция Ивана III последовала незамедлительно. Московский государь предъявил Новгороду ультиматум: «Вечу не быти, посаднику не быти, а государство всем нам держати». В 1478 году к Новгороду подошла сильная московское войско: вечевой колокол был снят, а три тысячи «бояр» новгородских разосланы по окраинам московского государства. Их состояния и владения взяты в казну Великого князя, а не разграблены новгородской чернью, как те наивно надеялись.