Вместе с тем при проведении правовой реформы выявляются новые противоречия.

Судебная власть призвана играть большую роль в контроле за законодательной и исполнительной властью. Пределы такого контроля последовательно расширяются. Суды вправе проверить законность действия (бездействия) практически любого государственного органа, органа местного самоуправления или должностного лица. Контроль за законодательством осуществляется не только в производствах об оспаривании нормативных актов, но и при рассмотрении судами конкретных дел. Применяя нормативный акт более высокой юридической силы, суды обессиливают противоречащий ему нормативный акт низшей юридической силы. Эффективность судебного контроля зависит от целостности, непротиворечивости судебной практики. Однако единство судебной практики в трактовке законодательства часто не наблюдается. Вопреки провозглашенному ст. 3 ФЗ «О судебной системе в РФ» принципу единства судебной системы сложился практически дуализм судебной системы при рассмотрении гражданских дел. Общие и арбитражные суды нередко по-разному трактуют одни и те же нормы гражданского права (например, предусмотренного ст. 250 ГК РФ срока в качестве пресекательного или срока исковой давности, соотношения ст. 168 ГК РФ и ст. 302 ГК РФ при признании сделок недействительными и защите прав добросовестного приобретателя). Встречаются случаи, когда арбитражные суды не считаются с преюдициальным значением фактов, установленных общими судами, и наоборот.

По одному из дел Президиум Высшего Арбитражного Суда РФ дал собственное толкование положения о юридической силе решений Конституционного Суда РФ, содержащегося в ст. 79 ФКЗ «О конституционном Суде РФ» и, по существу, разъяснил арбитражным судам апелляционной и кассационной инстанций, могут ли они и в каких случаях применять постановление Конституционного Суда РФ от 21 апреля 2010 г. № 1-П при решении вопроса о возможности пересмотра дела по вновь открывшимся обстоятельствам. Потребовалось специальное постановление Конституционного Суда РФ от 8 ноября 2012 г. № 25-П>65, чтобы подтвердить бесспорный для всех, кроме Президиума Высшего Арбитражного Суда РФ, факт, что официальное толкование постановлений Конституционного Суда РФ может даваться только самим Конституционным Судом РФ.

Имеются существенные, часто необъяснимые характером защищаемого права, различия в процессуальном порядке рассмотрения дел в общих и арбитражных судах.

Далеки от стабилизации правила подведомственности гражданских дел. В законодательстве последних лет подведомственность дел арбитражным судам неуклонно расширяется, что вряд ли соответствует статусу арбитражных судов как специализированных. В настоящее время активно проводится идея создания системы административных судов в качестве «специализированных судов в рамках системы общих судов» для рассмотрения публично-правовых споров. Реализация этой идеи на практике приведет к еще большему усложнению правил подведомственности, а, следовательно, к увеличению числа судебных ошибок и, в конечном итоге, к ухудшению порядка защиты нарушенных прав и интересов.

Стремление законодателя привести процессуальное законодательство в соответствие со ст. 46 Конституции РФ привело к чрезмерному расширению доступа к суду. АПК РФ вообще не предусматривает возможности отказа в принятии искового заявления. Статья 22 ГПК РФ не устанавливает четких критериев подведомственности дел общим судам. Из формулировки п. 1 ч. 1 ст. 134 ГПК РФ следует вывод о том, что гражданские дела вообще не могут быть отнесены к компетенции каких-либо иных, кроме судебных, органов, что противоречит отраслевому материальному законодательству. С другой стороны, материальное законодательство предусматривает многочисленные случаи отнесения к ведению суда бесспорных дел, когда на суд возлагаются функции, которые вполне могут осуществляться административными органами (расторжение брака при взаимном согласии супругов, узаконение перепланировки жилых помещений, некоторые случаи регистрации перехода права собственности на недвижимое имущество).