Эти слухи подтвердились 21 мая, когда на рейде Охотска появилась японская канонерка, высадившая на следующий день на берег десант554. Не желая вступать с ним в бой, местные партизаны, отступили в тайгу, прихватив всё наличное оружие, боеприпасы, золото555 и запасы продовольствия. При переходе через Джугджур они разделились корейский отряд Кима Ыннэ556 двинулся прямо на Иркутск, а анархисты во главе с Сосуновым и Пузырёвым – по Охотскому тракту на Якутск. Японцы на берегу долго не задержались. Разрушив радиостанцию и прервав телеграфную связь, они погрузили на борт часть казенного имущества557 и вышли в море. Через три дня после ухода японцев на берег высадился уполномоченный правительства ДВР по Охотскому уезду А.И. Сентяпов.
После ухода большей части партизан Охотск погрузился в состояние анархии, приводившей к насилиям и грабежам. Охрану порядка в городе и его окрестностях взял на себя капитан И.И. Яныгин558, который ещё в апреле сформировал отряд из двух десятков человек. Он отбил нападение приисковых рабочих, стремившихся уничтожить всех, неугодных советской власти, «как класс». Отряд Яныгина обосновался в Новом Устье, пригороде Охотска, вследствие чего в городе образовалось своеобразное двоевластие. Этим воспользовался православный священник П. Коновалов. Он убедил жителей Момского наслега Эльгетской волости, что является уполномоченным Момского, Оймяконского и Охотского контрреволюционных комитетов и утверждал, что по Транссибирской железной дороге на запад двигаются американские и японские войска, а советская власть свергнута на Дальнем Востоке вплоть до Иркутска. 23 мая зажиточные момские якуты, недовольные раскладкой по обганиванию станций, арестовать советских милиционеров. Восставшие образовали «Момский контрреволюционный штаб», который превратился во второй (после Охотска) оплот врагов советской власти на восточной границе Якутии.
20 апреля 1920 г. Якутская Область была реорганизована в особый район Иркутской губернии по решению Омского Сибревкома и лично председателя Сибревкома И.Н. Смирнова, что являлось типичным для интернационалистов-большевиков показателем игнорирования национальных, экономических и географических особенностей малых народов. В Иркутске же находился и уполномоченный Сибревкома по делам Якутии. Партийной работой руководило районное бюро, состоявшее из пяти членов559. Организация большевиков состояла из сорока трех человек и действовала на основе самостоятельно разработанных временной программы и устава.
Уже через два дня после утверждения районного статуса член Иркутской губпродколлегии К.Е. Андреевич направил в Сибревком предложение о сохранении областной самостоятельности Якутии. В нём он выражал опасения по поводу возможности планомерного управления необъятным Ленским краем из географически удаленного Иркутска. Языковые, культурные и религиозные различия двух регионов представлялись серьезным препятствием для учета особенностей Якутии. 9 мая в Иркутске состоялось совещание по этому вопросу с участием представителей Якутии560, которые заняли достаточно активную позицию в этом вопросе. Представитель Иркутского губревкома Беленец заявил о недостаточности аргументов в пользу сохранения губернской самостоятельности Якутии и наличии стремлений иностранных держав поработить край независимо от его статуса – областного либо районного.15 мая 1920 года на совещание руководителей Иркутского губревкома и его отделов повторно обсуждался вопрос о статусе Якутии. На нём возобладало мнение Сибревкома, в результате которого прежняя Якутская область вошла на правах района в состав Иркутской губернии на правах района.