План штурма Якутска был разработан при участии Х.А. Гладунова, как хорошо знавшего город и его окрестности. Согласно нему, командирам рот были даны следующие задания: «т. Стоянович должен был обойти город со стороны дач Сергеляха268 и выйти к Никольскому кладбищу, тт. Буллах и Одишария – к тюрьме и к Мархинской дороге, т. Янковский – по Набережной улице к женской гимназии, а Даниш – по Полицейской улице к реальному училищу, а оттуда по Логу на соединение с Янковским. Рыдзинский со своей частью, составлявшей резерв и связь, должен был войти в город по Большой улице со стороны Сергеляха». Большевистская ячейка в Якутске была также привлечена к штурму города. Трое её членов были посланы для установления связи со штабом, а остальные разделились на «пятки» 269, которые должны были поддержать атаку красногвардейцев на тюрьму и перерезать телефонную связь.

Якутск, реальное училище

На следующее утро так же, без единого выстрела, большевики высадились в пяти верстах от Табаги на берег. Роты Буллах и Одишария на лодках, буксируемых «Запорожцем», направились к тюрьме, а остальные подразделения двинулись маршем по суше. Шесть пулеметов, оба бомбомета и запасы патронов были погружены на взятые в Табаге подводы. Каждый из 327 красноармейцев был снабжен 250 патронами, а умеющие обращаться с гранатами получили по 2 русских или же швейцарских ударных гранаты. На подходе к городу красные роты стали разворачиваться в боевой порядок. Поскольку бой планировалось вести в сумерках белой ночи, красногвардейцы для опознания друг друга повязывали на фуражках белые повязки.

Около 22:00 красные бойцы внезапно атаковали Якутск с трёх направлений со стороны Богородицкой церкви (юга), от Мархинской дороги к тюрьме (севера) и со стороны Залога и лодочного причала у Преображенской церкви (востока). Едва раздались первые выстрелы, силы защитников стали сосредотачиваться в центре города. Тем временем, красные при поддержке местных большевиков быстро овладели тюрьмой270 и освободили арестованных членов Совета рабочих депутатов. На восточном участке они атаковали казначейство и заняли его только после обстрела из бомбомётов. Продвигаясь вперёд, атакующие достигли Преображенской церкви и женской гимназии, где засели стрелки-якуты. Их огонь был настолько густым, что наступавшие по Набережной улице цепи большевиков, потеряв несколько человек убитыми271 и ранеными были вынуждены залечь. Натолкнувшись на ожесточённое сопротивление, они послали за помощью. Отряд Стояновича, который должен был наступать с Сергеляха к Никольскому кладбищу, заблудился и застрял у озера Ытык-Кель, опоздав к началу боя.

Защита Якутска оказалась плохо организована. Даже утратив связь, Бондалетов, мог, уяснив направление главного удара красных, собрать свои силы в единый кулак и контрактовать, но не сделал этого272, а приказал отходить. Особенно стойкое сопротивление оказали якутские добровольцы, своевременно не получившие приказа об отступлении. Их упорное сопротивление сдержало атаки красных и позволило основным деятелям Областного Совета обороны, собравшихся на совещание, вовремя покинуть город. Вместе с ними была вывезены пушнина273 и мамонтовая кость. Во время отступления некоторые отряды защитников в панике вели дружественный огонь по своим274. Общие потери сторон, включая случайных прохожих, разнятся. По разным данным они составили от нескольких десятков до сотни человек275. Бой за Якутск 30 июня 1918 года стал первым в истории Гражданской войны в Якутии случаем открытого противостояния между белыми и красными. К тому же это был первое боевое крещение якутов, которые не имели навыка военной службы (по «Уставу об управлении инородцев» (1822 г.) они не отбывали всеобщую воинскую повинность).