Движение ихэтуаней нашло поддержку лишь среди китайского населения Монголии. В Улясутае летом 1900 г. было собрано до 1 тыс. китайцев-торговцев, для которых были организованы учебные стрельбы. Из местных чиновников наибольшую активность в деле подготовки обороны вверенных территорий проявили глава Кобдо и Улясутайский цзянцзюнь. Амбань Жуй Сюнь установил связь с Синьцзяном, и попросил отправить несколько тысяч маньчжурских солдат на защиту Кобдо, он просил, чтоб император поддержал это решение своим приказом. Цзянцзюнь Лянь Шунь просил у Пекина два батальона конницы и батальон пехоты. 12 июня 1900 г. консул Я.П. Шишмарев доносил из Урги, что монголы пассивно воспринимали события в Чжили, агитацию вели лишь китайцы. Монгольские власти не выполнили указ императора о закрытии Монголии для горнопромышленной деятельности иностранцев. Правда, Я.П. Шишмарев позже все же отправил несколько телеграмм о развитии напряженности в Урге.^>65

Мобилизационные мероприятия затронули районы Южной Монголии, тем более, там монголы входили в состав восьмизнаменного войска. Суйюаньченский цзянцзюнь Юн Дэ отмобилизовал восьмизнаменные войска, приступил к военным учениям и наметил пути их движения на встречу возможного русского наступления. Однако Юн Дэ полагал, что сам он с частью войск должен был идти к Пекину. Фудутун Жэхэ Сэ Лэнъэ, наоборот, не выполнил приказ отправить все войска в Тяньцзинь.

Из всех монгольских территорий полномасштабные военные действия затронули только Баргу, входившую в состав провинции Хэйлунцзян. 28 июня 1900 г. Приамурский генерал-губернатор Н.И. Гродеков приказал образовать отдельный отряд под командованием генерал-майора Н.А. Орлова для занятия Хайлара. Этот отряд, численностью в 5 тыс. чел., 12 июля перешел границу и вышел на станцию Далайнор. 13 июля отряд штабс-капитана Бодиско захватил в плен 50 монголов. Первый крупный бой произошел за станцию Онгунь 16—17 июля, где русским войскам противостояло до 10 тыс. чел., в основном монгольской конницы. Вскоре цинские войска в Барге были полностью разбиты, и русский отряд продолжил наступление по КВЖД в сторону Цицикара.

В начале июня 1900 г. антииностранное движение достигло границ Южной Монголии, создав угрозу не только русским интересам, но русскому населению на «Кяхтинском пути». 3 июня 1900 г. командующий войсками Квантунского полуострова доложил в Санкт-Петербург, что не в состоянии помочь калганцам. Через день телеграфная станция в Калгане была закрыта, все русские вынуждены была оставить этот город. Начальник Забайкальского почтовотелеграфного округа докладывал: «Заведующий Кал-ганской конторой Сленцевич телеграфирует из Уддена, расположенного на полпути между Ургой и Калганом, что, вследствие грозящего настроения китайцев, возбужденных расклеенными объявлениями, в ночь на 4 июня вся русская колония вместе… с почтами, не достигшими Пекина, выехали в Ургу»^>66. 21 июля консул Я.П. Шишмарев сообщал: «Сильное впечатление произвел здесь разгром всего Русского Калгана… К ущербу величия России послужит в глазах монголов всякая неудача наша в Урге»^>67. В конце июня 1900 г. русский консул уже докладывал: «Монголия призывается к оружию… Вообще положение здесь становится серьезным. Экстренная присылка консульству казачьего конвоя при орудии необходимо»^>68.

Антииностранное движение в Китае не достигло Халхи, и русская армия в 1900 г. боевых действий на этой территории не вела. Однако военные события в Цинской империи отразилась на общей ситуации в регионе. В Монголии были зафиксированы случаи отобрания долговых расписок у русских купцов, отказа принимать российские деньги. Пытались китайские власти воспрепятствовать эвакуации русских торговцев из Кобдоского округа. На одном из пограничных караулов даже было зачитано предписание задерживать русских и отправлять в Улясутай. Однако в августе 1900 г. все русские торговцы благополучно выехали из Западной Монголии.