Путь Довнар-Запольского в послеоктябрьский период был логичен для общественного деятеля с буржуазной платформой, белоруса по национальности: он стал активным участником национального буржуазного движения. После образования в марте 1918 года Белорусской Народной Республики со столицей в занятом немцами Минске Довнар-Запольский приветствовал ее восторженной статьей «Жребий брошен». В это время он подготовил брошюру «Основы государственности Белоруссии», изданную в 1919 году в Гродно, Вильно и Париже на шести европейских языках, в том числе на белорусском – двумя изданиями. Концепция этой брошюры была изложена уже в статье «Жребий брошен»: Белоруссия стала независимым государственным образованием еще со времен феодальной раздробленности (Полоцкое, Турово-Пинское, Смоленское княжества), далее путь ее был тоже самостоятелен и если и связан с Россией, то не по желанию ее населения, а по принуждению (разделы Речи Посполитой). Белоруссия – страна высокой и древней культуры, пик развития которой («золотой век») пришелся на XVI столетие, причем классовые различия были тогда здесь значительно меньшими, чем в Московской Руси. Политических задач, впрочем, брошюра не выполнила.

Весь период гражданской войны Довнар-Запольский продолжал числиться профессором киевских вузов, но лекций почти не читал. Личная трагедия (потеря двух сыновей) и неудачная политическая деятельность привели его к переосмыслению своих позиций: отказавшись от возможности эмигрировать, Довнар-Запольский покинул Киев, в 1920–1922 годах работал в Харькове, затем в Баку. Непродолжительный харьковский (до 1922 годах), а затем – бакинский периоды его жизни были наполнены напряженной работой в различных государственных учреждениях Украины и Азербайджана. Не оставляет он и преподавательской деятельности, являясь профессором Харьковских университета и института народного хозяйства, а затем проректором Азербайджанского университета и профессором Бакинского политехнического института.

Когда в Минске открылся Белорусский государственный университет, по приглашению его ректора, бывшего своего ученика, В. И. Пичеты, Довнар-Запольский в 1925 года. приехал туда на работу. В октябре того же года он начал чтение лекций по истории Белоруссии и истории белорусского народного хозяйства в БГУ. Не оставался он в стороне и от общественной деятельности: совместно с Д. И. Довгялло организовал, а затем стал председателем Археографической комиссии Историко-археологической секции Института белорусской культуры. Он сотрудничал также и в Госплане СССР.

Но главная цель его переезда в Минск – издание написанной им к началу 20-х годов «Истории Белоруссии» – оказалась нереализованной. Причиной этому послужили некоторые содержавшиеся в работе оценки событий, расходившиеся с официальными марксистскими Он видел в Белоруссии прежде всего крестьянскую страну со слабо развитым рабочим классом, а поэтому считал главным содержанием дореволюционных классовых противоречий в ней борьбу «трудового крестьянства с нетрудовым землевладением». Отсюда следовало его заключение: «Настоящим победителем из революции вышел крестьянский трудовой класс, господствующий в стране по своей численности и по отбитым у буржуазии материальным благам… По внешней форме победившее революционное направление было рабочим, по существу настоящим революционером и настоящим победителем явился трудовой элемент деревни».

Категорически негативная критика «Истории Белоруссии» закончилась обвинением ее автора в признании диктатуры пролетариата «почти не существующей и, во всяком случае, незаконной», Довнар-Запольский осенью 1926 года переехал в Москву. Использовав минский опыт работы в плановых органах, он поступает на службу в Мосгубплан; с ноября этого же года ведет занятия по экономической географии в Московском Институте народного хозяйства, а с октября 1927 года является также профессором Тимирязевской сельскохозяйственной академии.