К началу 2000 г. система государственной экологической экспертизы имела структурированное и развитое законодательное и нормативно-методическое обеспечение. Требование обязательного проведения государственной экологической экспертизы и учета положительного заключения государственной экологической экспертизы было закреплено в четырнадцати федеральных законах и не могло быть проигнорировано.

Укажем основные нормативные акты, регламентирующие вопросы использования и/или изъятия объектов живой и неживой природы и являющиеся неотъемлемой частью правового поля, регламентирующего проведение государственной экологической экспертизы. Это Лесной Кодекс (1997), Водный Кодекс (1995), Законы «О животном мире» (1995), «Об особо охраняемых природных территориях» (1995), «О недрах» (1995), «О континентальном шельфе Российской Федерации» (1995), другие законодательные акты.

В соответствии со статьей 13 Федерального закона «Об экологической экспертизе» в Госкомэкологии России организация и проведение государственной экологической экспертизы осуществлялись Управлением государственной экологической экспертизы Госкомэкологии России и специализированными экспертными подразделениями в составе территориальных комитетов в 89 субъектах Российской Федерации.

Однако вскоре во исполнение Указа Президента Российской Федерации от 17 мая 2000 г. № 867 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» было создано Министерство природных ресурсов РФ. На него было возложено осуществление функций упраздняемого Государственного комитета Российской Федерации по охране окружающей среды, в том числе функция организации и проведения государственной экологической экспертизы.

В новой структуре центрального аппарата МПР России в целях выполнения задач, определенных для Министерства природных ресурсов Российской Федерации Постановлением Правительства Российской Федерации от 06.07.2000 г. № 495, приказом МПР России от 13.07.2000 г. № 178 было организовано Управление государственной экспертизы. Однако Положение об Управлении государственной экспертизы как подразделении МПР России так и не было утверждено.

В тоже время приказом МПР России от 19.07.2000 г. № 184 было принято решение о создании при МПР России Федерального государственного учреждения (ФГУ) «Госэкоэкспертиза».

Уставом ФГУ «Госэкоэкспертиза» было определено, что «учреждение осуществляет свою деятельность в целях реализации задач и функций по организации и проведению государственной экологической экспертизы». Согласно Уставу, утвержденному приказом МПР России от 27.07.2000 № 189, финансирование ФГУ «Госэкоэкспертиза» должно было осуществляться в том числе за счет доходов, полученных от проведения работ и оказания услуг.

Статья 13 Федерального закона «Об экологической экспертизе» определяет, что «специально уполномоченными государственными органами в области экологической экспертизы являются уполномоченный на то Правительством Российской Федерации федеральный орган исполнительной власти, специально уполномоченный в области охраны окружающей природной среды, и его территориальные органы, которые имеют исключительное право на проведение государственной экологической экспертизы и осуществляют соответствующие функции через свои подразделения, специализированные в области организации и проведения государственной экологической экспертизы».

Таким образом, планировавшееся наделение функцией государственной экологической экспертизы учреждения, не являющегося подразделением МПР России, нарушало статьи 7 и 13 вышеуказанного закона в части передачи другой организации прав, обязанностей и полномочий федерального специально уполномоченного органа и его территориальных органов в области государственной экологической экспертизы.