Поле общественного контроля открывает широкие горизонты для политического манипулирования общественностью, а через неё и органами государственного управления. Механизмы дезинформации, подобные рычагам воздействия общественного контроля, оказавшись доступными для общественных объединений с целями, противными поддержанию единства и демократических основ российского государства, могут нанести существенный урон безопасности и независимости страны.

Можно только приветствовать цивилизованную работу гуманитарных и благотворительных неправительственных организаций. В том числе, выступающих активными критиками действующих властей. Однако активность «псевдо-неправительственных организаций», других структур, преследующих при поддержке извне цели дестабилизации обстановки в тех или иных странах, недопустима… когда активность неправительственной организации не вырастает из интересов (и ресурсов) каких-то местных социальных групп, а финансируется и опекается внешними силами[156].

Поэтому представляется, что в формировании структур общественного контроля должны принимать участие только действительно независимые структуры гражданского общества, а не созданные искусственно объединения, чьи цели корыстны или далеки от идеи служения общественным интересам.

Кроме того, принцип самостоятельности объединений, участвующих в формировании субъектов общественного контроля, иногда формулируется как свобода общественного объединения и закрепляет основополагающее для обеспечения гражданского контроля право на ассоциацию, не подконтрольную органам власти[157].

Принцип самостоятельности субъектов общественного контроля должен найти своё выражение в двух направления: отсутствие отношений соподчиненности между субъектами общественного контроля и создание условий для партнерства между ними для информационного обмена, оказания взаимной помощи и содействия, объединения усилий и ресурсов и т. д.

Необходимо исключить иерархии подчинения при осуществлении процедур общественного контроля по нескольким причинам. Во-первых, это позволит сохранить его «общественную» сущность и подтвердит равенство и доступность для всех граждан, желающих принимать участие в процедурах общественного контроля, обеспечит равный доступ всех к информации, составляющей общественный интерес. Во-вторых, иерархические схемы построения структур общественного контроля создадут новые соблазны и возможности коррупционного воздействия и недобросовестного участия в управлении делами государства. Поэтому, говоря о таких институтах общественного контроля как общественные палаты, вполне обоснованно, что региональные и муниципальные общественные палаты не должны находиться в организационном или финансовом подчинении у Общественной палаты РФ.

Кроме того, первостепенную важность здесь обретает степень участия государственных органов и органов местного самоуправления в формировании и функционировании институтов общественного контроля.

Принимая во внимание характер и цели деятельности общественных палат, они никак не могут подчиняться органам государственного управления, на контроль деятельности которых является их прямой задачей. На практике же, к сожалению, возникают случаю пренебрежения принципом самостоятельности институтов общественного контроля. На региональном уровне в ряде регионов доминирует практика назначения членов палат губернаторами и законодательными собраниями. Такой принцип формирования палат делает их не свободными институтами гражданского общества, а зависимыми исключительно от региональных властей. Опять же подобные примеры противоречат и принципам формирования Общественной палаты РФ. Как известно, при формировании федеральной Общественной палаты ни исполнительная власть, ни законодательная не участвуют и не вмешиваются в процесс её формирования