Среди причин закрытия церковно-приходских школ необходимо назвать равнодушное отношение к деятельности духовенства по организации начального образования со стороны некоторых чиновников или местного населения. На наличие таких фактов указывали в своих рапортах благочинные. Например, священник Успенской церкви хутора Чеботовского (Донецкий округ) Аристарх Пантелеймонов с 1861 г. руководил церковно-приходской школой, оплачивал расходы на отопление и ремонт дома, в котором Russkaya Starina, 2016, Vol. (18), Is. 2 88 находилось училище, а в связи с отсутствием возможности ежедневно бывать в училище, нанимал учителя, которому выплачивал жалованье. В 1866 г., не имея более средств для содержания училища, он просил Митякинское станичное правление обеспечить отопление училищного дома и назначить помощника из казаков для ухода за зданием. Правление отказало ему в этом, а станичный судья пригрозил церковному попечителю Успенской церкви: «…вас всех повязать, чтобы не заводили там училищ: есть у нас одно училище, пусть и представляют сюда детей» (имелось в виду Митякинское приходское училище). В данном случае школу удалось отстоять. Дело дошло до консистории и Войскового правления. Последнее распорядилось, чтобы Митякинское станичное правление удовлетворило обе просьбы священника. В рассмотренной ситуации речь не идет о неприязненном отношении к преподавательской деятельности духовенства. Для Дона оно не было характерно в силу определенного консерватизма, присущего казачеству. Но наличие двух учреждений с одной и той же функцией представлялось нецелесообразным, отсюда – нежелание тратить ресурсы на церковную школу, учитывая наличие приходского училища.

Можно также привести в качестве примера ситуацию, в которой оказалась церковно-приходская школа хутора Садковского станицы Митякинской (Донецкий округ). Местный священник в рапорте благочинному от 23 октября 1868 г. сообщал о том, что школа, в которой он являлся наставником, оказалась на грани закрытия. Поскольку прихожане (среди которых были как казаки, так и крестьяне) не могли прийти к общему мнению по вопросу о её материальном обеспечении, которое, судя по рапорту, полностью лежало на них. Некоторые прихожане согласились с тем, что школа необходима. Другие отозвались, что не имеют средств для ее содержания, но были и те, кто считал, что «школа есть дело такое, что без нее можно обойтись». В данном случае компромисс был найден: «более благонамеренные прихожане» обещали изыскать средства для приобретения дома и необходимых принадлежностей для школы, и священник продолжил заниматься обучением детей.

Положением о начальных народных училищах Высочайше утвержденным от 14 ноября 1864 г. православное духовенство почти совсем отстранялось от школьного народного образования, духовенству было предоставлено всего лишь 2 урока в неделю по Закону Божьему.

Передача церковно-приходских школ в ведение Министерства народного просвещения и земств позволяла духовенству освободиться от части обязанностей, ограничивало образовательную деятельность священнослужителей преподаванием одного Закона Божия, избавляло клириков от необходимости изыскивать средства на содержание школ, а также давало дополнительный источник дохода (в некоторых светских училищах священники получали вознаграждение за преподавание Закона Божия). По словам исследователя церковной школы Ф. В. Благовидова, духовенство не протестовало против перехода церковных школ в светские, поскольку «в церковно-приходскую школу оно вносило свой труд и тратило на ее содержание свои деньги, а в земских училищах при том же труде оно получало вознаграждение от земства, само не расходуя ничего».