В 1908 г. за пропаганду социализма среди детей «Сетлемент» был закрыт полицией, а сам Шацкий арестован. Позже он создал общество «Детский труд и отдых», а в 1911 г. в рамках этого общества открыл в Калужской губернии детскую летнюю колонию «Бодрая жизнь». В колонии вместе с коллегами он реализовывал свои идеи связи трудовой, эстетической и умственной деятельности, взаимоотношений воспитателей и воспитанников, формирования и развития детского сообщества. Труд занимал важное место в жизни колонии: самообслуживание, благоустройство, работа в саду, на огороде, в поле, на скотном дворе имели не только воспитательное, но и образовательное значение. Свободное время отводилось чтению, беседам, играм, постановкам спектаклей, занятиям музыкой, пением.

В 1919 г. Шацкий принял предложение Наркомпроса о сотрудничестве. На основе учреждений общества «Детский труд и отдых» он создал Первую «Опытную станцию по народному образованию», занимавшую целый район в Калужской губернии. Шацкий и его сподвижники организовали педагогический комплекс, небывалый по замыслу и масштабу: в его состав входили ясли и детские сады, 13 начальных школ и две средних, летняя колония «Бодрая жизнь», клубы и читальни; работал педагогический техникум и летние курсы для учителей, на базе колонии был устроен методический центр и велись научно-педагогические исследования. В жизнь школ вовлекалось местное население: для крестьян читали лекции, им раздавали элитные семена, помогали в ведении хозяйства. Деятельность станции получила широкую известность в России и за рубежом. Высоко оценил работу американский педагог и философ Джон Дьюи, посетивший Шацкого в конце 20-х гг.: «Я не знаю ничего подобного в мире, что могло бы сравниться с этой колонией» (цит. по [61, с. 328]).

В середине 20-х гг. Шацкий участвовал в работе научно-педагогической секции Наркомпроса, внес значительный вклад в разработку содержания учебных программ ГУСа и повышении роли урока как основной формы учебной деятельности.

В 1932 г. Опытная станция, несмотря на все ее успехи, была закрыта, а Шацкий назначен директором Московской консерватории. По инициативе Шацкого и профессора А.Б. Гольденвейзера было создано детское отделение для подготовки талантливых детей к поступлению в музыкальные вузы – будущая Центральная музыкальная школа. В 1934 г. С.Т. Шацкий скоропостижно скончался.

С.Т. Шацкий создал научную педагогическую школу, которую представляли А.А. Фортунатов, М.Н. Скаткин, Л.К. Шлегель и другие известные ученые. Под руководством Шацкого были разработаны методы педагогического исследования: социально-педагогический эксперимент, наблюдение, опрос. Одна из главных научных заслуг Шацкого состояла в том, что он первым в России целостно исследовал влияние условий среды на социализацию ребенка. Ему также принадлежит приоритет в исследовании таких проблем, как школьное самоуправление, лидерство в детском коллективе и др. Важнейшим достижением Шацкого является разработка теории и практики функционирования учебного заведения как комплекса учреждений, реализующих преемственность и целостность в воспитании. С.Т. Шацкий – автор книг «Бодрая жизнь» (1914), «Этапы новой школы. Сборник статей и докладов» (1923), «Годы исканий» (1924) и др.

Прошли годы, и педагогические достижения Шацкого снова были востребованы во время последующих школьных реформ. Так, в 1958 г. были изданы его «Избранные педагогические сочинения», в 1962–1965 гг. – «Педагогические сочинения» в 4-х томах, а в 1980 г. в серии «Педагогическая библиотека» вышли «Избранные педагогические сочинения» Шацкого в двух томах.