Братья Лихуды составили учебники по грамматике, риторике, математике, физике и другим дисциплинам, которые преподавались в академии. Видимо, их учебники не были оригинальными и питались идеями, почерпнутыми в Италии. Историк Славяно-греко-латинской академии критиковал «учебно-методические писания» ее преподавателей: «Писания их представляют одно и то же содержание, писаны в том же схоластическом духе, даже во многом сходятся между собой буквально. В основании было одно: книги Аристотеля и комментарии на них, составленные во множестве перипатетиками средних веков. Оставалось по строго определенному плану строить здание науки, и наставники не отступали от него в существенных пунктах. Они только разнообразили язык, переставляли трактаты с одного места на другое, что мы и видим во всех учебниках академии» (цит. по [108, с. 34]). Но создание и таких учебников было для России XVII в. огромным шагом вперед.

По уставу в академии могли учиться люди всех состояний, кроме крестьян и дворовых людей. На должности ректора и учителей допускались только русские и греки. В уставе было сказано о запрещении «держать домашних учителей иностранных языков, иметь в домах и читать латинские, польские, немецкие и другие еретические книги; за этим, как и за иноверной пропагандой среди православных, наблюдала академия, которая судила и обвиняемых в хуле на православную веру, за что виновные подвергались сожжению»{48}. Ключевский подводит итог: «Так продолжительные хлопоты о московском рассаднике свободных учений для всего православного Востока завершились церковно-полицейским учебным заведением, которое стало прообразом церковной школы. Поставленная на страже православия от всех европейских еретиков, без приготовительных школ академия не могла проникнуть своим просветительным влиянием в народную массу…» [94, т. 3, с. 316]. С.М. Соловьев{49} писал, что «академия уполномочивалась следить за движениями врагов православия и бить всполох при первой опасности; это была цитадель, которую хотели устроить для православной церкви при необходимости столкновения ее с иноверным Западом; это не училище только, это страшный трибунал…» [178, с. 73].

Однако «цитадели православия» из академии не получилось. Несмотря на требования консервативной старомосковской партии, чтобы в академии преподавались только греческий язык и «благочестивые науки», туда все-таки проникала латинская программа, так как в описываемое время высшей школы с чисто греческой программой нигде не существовало и ее неоткуда было заимствовать. Вскоре Лихуды подверглись упрекам за то, что они «забавляются около физики и философии», преподают латинский язык и на нем читают лекции для учащихся старших курсов. В 1694 г. Лихуды были отстранены от руководства академией, а в 1701 г. они были обвинены в ереси и сосланы в Ипатьевский монастырь и освобождены лишь через пять лет. Преподавание в академии было поручено ученикам, не прошедшим полный курс. На несколько лет она пришла в полное запустение. Но, как часто бывает в истории, консерваторы, выступая против любых, даже самых умеренных новшеств, ничего не могли предложить взамен их, тем самым открывая дорогу значительно более радикальным реформам. По этому поводу Милюков писал: «В Москве и Константинополе не хотели, чтобы латинский язык и высшие знания преподавались у нас – хотя бы и греком, хотя бы и между прочим. Но так как со своей стороны эти люди не могли дать никакой другой программы и никакого специалиста, способного выполнить ее, то в конце концов, к началу XVIII столетия, преподавание перешло целиком в руки сторонников латинской школы» [125, с. 221]. Официально обучение латыни было введено указом Петра в 1701 г.