В январе 1558 года Россия начала войну, причём в русское войско входили татарские отряды из Казани. Весной того же года взяли Нарву, летом – Дерпт, вернув старые русские земли. В Нарве Иван IV тут же основал корабельную верфь.

В 1559 году с орденом заключили перемирие, но в 1560 году война возобновилась. Русские взяли Мариенбург и Феллин, разгромили войско ордена и взяли в плен прежнего магистра Фюрстенберга. В ноябре 1560-го орден заключил новый договор с Сигизмундом II, полностью признав его власть. Теперь России на Балтике противостоял уже не один орден, а несколько сильных держав, и с 1561 года наступил второй период войны, в которой главным врагом России стал Сигизмунд II, а военные действия перешли в Великое княжество Литовское.

К этому времени Россия уже «завязла» в Сибири, налаживая отношения с Сибирским ханством, которое располагалось по Иртышу, Тоболу, доходя до Барабинской степи. Первые контакты Руси с ним произошли еще в конце XV века. Но только после взятия Казани Россия и Сибирское ханство получили общую границу, за Волгой стали обосновываться русские промышленники. В верховьях Камы и по реке Чусовой промышленники Строгановы взялись за разработку мест, богатых солью и рыбой. В 1558 году Иван IV дал им на эти земли жалованную грамоту, разрешил призывать к себе крестьян, иметь небольшое войско и строить острожки для защиты от нападений воинственных вогулов (манси). Строгановы принимали к себе и беглых, и преступников. Их люди добывали не только соль, но и железо, медь, серебро, сеяли хлеб.

Удержание этих земель за Россией становилось жизненно важным для страны. В 1555 году сибирский хан, спасаясь от нападений Бухары, принял вассальную зависимость от Москвы и платил дань пушниной.

В ноябре 1562 года Иван начал поход на Полоцк и взял его в феврале 1563-го, открыв дорогу на Вильно и Ригу. Тем временем внутри России нарастало противостояние исполнительной и законодательной власти, и начались репрессии против членов Избранной рады, не желавших продолжения Ливонской войны.

В 1564 году русская армия потерпела два крупных поражения под Полоцком и Оршей. Внутри страны прошли новые репрессии – очевидно, против тех, кого ныне принято называть пацифистами. В том же году крымский хан Девлет-Гирей напал на Рязань. Положение спасли будущие известные опричники Алексей Данилович Басманов-Плещеев и его сын Федор: находясь в своих рязанских поместьях, они собрали местных служилых людей, и отбили набег.

В том же году Иван IV ввел опричнину.

Ливонская война обострила противоречия и внутри российской элиты, и между элитой и царём. Бояре поддерживали царя в борьбе с Казанью и Крымом, так как набеги угрожали их вотчинам и всему государству. Но значения борьбы за выход к морю они не понимали. Их противодействие политике централизации выливалось в заговоры против царя, и между Иваном IV и Избранной радой произошел разрыв. В конце концов, сторонники Избранной рады оказались отстранены от дел, умерли или бежали.

3 января 1565 года царь послал в Москву две грамоты. Первую – митрополиту, в которой объявлял об отречении от престола из-за «гнева» на бояр, духовенство, «детей боярских» и «приказных людей». Во второй – рядовым москвичам – он писал, что на них не гневается. Тем самым Иван стремился заручиться поддержкой посадского населения, – а это необходимое условие для рывка. 5 января царь принял депутацию москвичей, а дума и духовенство предоставили ему чрезвычайные полномочия. Иван согласился вернуться на царство, но объявил, что учредит особый двор и войско – опричнину.