В советский период обновленческое движение выступало за сотрудничество с органами власти, приспосабливаясь к изменившимся социально-политическим и экономическим условиям. Правовое положение буддизма было определено постановлением ЦИК и СНК Бурят-Монгольской АССР от 17 декабря 1925 г., которое проводило в жизнь декрет Советской власти об отделении церкви от государства и школы от церкви. Дацаны и дацанское имущество были национализированы. С 1926 г. служители культа были лишены избирательных прав и права на землепользование, резко возросло налоговое обложение дацанов и лам. С начала 1930-х гг. дацаны начали закрывать, их служителей разогнали, многие из них были арестованы и отправлены в ссылки и тюрьмы. К концу 30-х гг. все дацаны были закрыты, а их имущество частично уничтожено, частично свезено в музеи – Музей истории религии и атеизма (Казанский собор), Музей антропологии и этнографии им. Петра Великого (Кунсткамера), Российский этнографический музей, Музей истории Бурятии им. М. Н. Хангалова и др., где его судьба сложилась по-разному. Кое-что в неразобранном виде пролежало в ящиках более полувека, например, многометровая статуя Майтреи из Агинского дацана. Значительное количество бронзовой буддийской скульптуры пошло на переплавку во время войны для нужд армии, кое-что было продано за границу. С конца 1930-х гг. буддийская культура Бурятии перестала существовать. Это не означает, что она исчезла полностью, скорее ушла «в подполье», но доступ к подпольной культуре всегда ограничен.
С 1941 по 1946 г. на территории Забайкалья и Предбайкалья не существовало ни одного буддийского монастыря. Однако в 1946 г. были открыты сразу два дацана: сначала Иволгинский, затем Агинский. Первый был заново построен в 30 км от столицы республики г. Улан-Удэ. Второй, Агинский, был открыт в одном из малых храмов бывшего крупнейшего в Агинских степях буддийского монастыря. Во время войны в нем, а также в уцелевшем главном храме монастыря размещалась воинская часть, а после войны в течение нескольких десятилетий санаторий для больных туберкулезом. В том же 1946 г. было принято «Положение о буддийском духовенстве в СССР», которое регулировало деятельность буддийской церкви вплоть до начала перестройки.
Верховным органом становится Центральное духовное управление буддистов (ЦДУБ), избираемое, согласно положению, съездом буддистов в составе пяти членов и двух кандидатов во главе с председателем Пандито Хамбо-ламой и его заместителем (дид-хамбо). Председатель ЦДУБ обязан, постоянно находясь при храме, присваивать хуваракам (ученикам) духовные степени, находиться «в курсе всех богослужений и прочих религиозных обрядов», отправляемых ламами, и руководить ими, а также «беспощадно бороться с лицами, обманным путем в злокорыстных целях присваивающих звание ламы». Под последними имелись в виду так называемые бродячие ламы, обслуживавшие бурятское население, передвигаясь из одного населенного пункта в другой, исполнявшие обряды по просьбе верующих.
Гонениям подвергались не только ламы, но и интеллигенция, работники творческого труда, ученые, заподозренные в симпатиях к буддизму. В начале 70-х гг. прошлого века власти Бурятии провели последнюю крупную антибуддийскую акцию, вошедшую в историю российского буддизма под названием «Дело Дандарона». Бидия Дандарон – Учитель, лама-тантрик, духовный наставник, ученый, живший в Улан-Удэ, отсидевший 18 лет в советских лагерях, объединил вокруг себя группу своих последователей, сочетавших изучение буддийских текстов с их практической реализацией.