Нельзя сказать, что правительство никак не реагировало на шум в прессе. Уже в 1992 году была создана специальная комиссия по расследованию проблемы «красной ртути» во главе с председателем Комитета по делам конверсии при президенте России Михаилом Бажановым. Бажанов обвинил ряд лиц из ближайшего окружения президента Ельцина в финансовых махинациях, связанных с делом о «красной ртути». По его словам, он располагал документами, свидетельствующими об их по меньшей мере косвенной причастности к этому делу.

Бажанов считал, что «красная ртуть» – действительное или мнимое соединение ртути, ставшее предметом повышенного интереса прессы и государственных учреждений, включая спецслужбы многих стран, в том числе и России – крупнейшего в мире, хотя далеко не единственного производителя первичной ртути. Он уверял, что не известен ни один достоверный случай освидетельствования вещества, хотя бы условно соответствовавшего сумме информации о «красной ртути». Не были обнаружены и его производители. Единственный бесспорный факт в этой истории – интенсивная межведомственная и коммерческая переписка вокруг продукта.

Выводы комиссии, возглавляемой Бажановым, состояли в следующем. В 1991–1992 годах ряд лиц из ближайшего окружения Президента России, а также руководители некоторых министерств подписали большое число запросов различных государственных и негосударственных фирм о предоставлении квот на продажу «красной ртути» как стратегического продукта. Бажанов продемонстрировал папку с ксерокопиями этих документов, зачитал выдержки некоторых из них, а также показал документ с визой одной весьма важной персоны из российских государственных структур. Как правило, в запросах речь шла о продукте, описываемом как «ртутная соль сурьмяной кислоты, жидкая фракция». Все организации ссылались на наличие как поставщиков, так и покупателей этого продукта, причем иногда к запросам прилагались и копии контрактов.

Бажанов располагал результатами экспертиз и заключениями, подписанными первыми лицами (или их заместителями) Минатома и Минпрома России, Института общей и неорганической химии РАН, Российского научного центра «Курчатовский институт». В этих документах описания «красной ртути» объявлялись противоречащими основам химии, а возможность производства в России и СНГ ртутного продукта, области применения которого были бы подобны тем, которые приписываются «красной ртути», отрицались.

Эти данные, равно как и информация, полученная в ходе бесед со специалистами и экспертами из Академии наук, Министерства безопасности России, а также неспособность ни одного из просителей квот на «красную ртуть» назвать и показать производителя или держателя продукта, дали Бажанову, по его словам, достаточные основания объявить данный продукт несуществующим. О своей позиции Бажанов и министр безопасности России Виктор Баранников неоднократно информировали Егора Гайдара и членов правительства, но без видимых результатов.

На этом основании Бажанов делал вывод, что «речь идет о личных интересах коррумпированных групп, где все повязаны». Он предполагал мошенничество по следующей схеме. Заключался договор, который, естественно, не выполнялся, и на счет покупателя в СНГ поступала ранее оговоренная колоссальная неустойка в рублях (несколько сотен тысяч долларов за килограмм продукта, при заявке в 10 тонн (были и такие) – несколько сотен миллиардов рублей). На счет поставщика за границей одновременно переводилась соответствующая сумма в долларах, то есть происходила конвертация рублей, мечта всех российских финансистов того времени. Заключительную точку аферы Бажанов видел в использовании этих средств для захвата собственности в ходе кампании акционирования.