В 1927 году был назначен временно управляющим Вятской епархией.

28 января 1928 года был арестован в Воткинске. 22 июня того же года по обвинении в «к/р агитации» был осужден по статье 58—10 УК РСФСР на три года концлагерей и заключен в Соловецкий лагерь особого назначения.

После освобождения из лагеря 22 ноября 1933 года епископ Онисим был 5 декабря того же года назначен управляющим Тульской епархией.

Епископ Онисим, несмотря на запреты властей и смертельный риск, помогал многим ссыльным и арестованным священнослужителям, оказывал посильную помощь посылками, письмами. Так, он регулярно оказывал материальную помощь семье священника Грачева, высланного за «контрреволюционную деятельность», посылал посылки в ИТЛ протодиакону Новосадову. Возвращающихся из ссылок и заключения священников назначал на приходы. Помогал им материально. Архимандрита Серафима (Васильева) епископ Онисим назначил священником в одну из церквей Дубенского района, протоиерея Петра Пономарева в церковь села Жмурово Чапаевского района, священника Феодора (фамилия неизвестна) в церковь села Иевлево Товарковского района. Если не было возможности устроить священнослужителя в Тульской епархии, направлял их с рекомендательными письмами в соседние.

Не боясь наветов обновленцев и репрессий властей, епископ Онисим совершал постриги. В ноябре 1934 года он постриг в монашество в сан игумена с именем Макарий овдовевшего протоиерея Александра Александровича Воскресенского, священника церкви 12 апостолов, в сан иеромонаха с именем Онисфор протоиерея Петра Пономарева (церковь села Жмурово). В схиму постриг монахиню Лаврентию с именем Нонна.

Архиерейские службы епископ Онисим проводил в основном в одном из древнейших храмов Тулы – Ильинской церкви. Небольшой (бывший приходской) храм бывал переполнен. Даже в обычные дни многие стояли на улице, храм не вмещал всех молящихся.

18 декабря 1935 года епископ Онисим (Пылаев) был арестован.

Особым Совещанием при НКВД СССР 16 апреля 1936 года был осужден по ст. и сослан на 5 лет в Северный край. Был расстрелян 27 февраля 1938 года в одном из Северных лагерей.

Определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 17 июля 2001 года по представлению Тульской епархии был причтён к сонму новомучеников и исповедников Российских.

Дни памяти: 28 февраля, *7 февраля – Собор новомучеников и исповедников Церкви Русской.

Тропарь, глас 3

Церкве Русския столпе непоколебимый,/ благочестия правило,/ жития евангельскаго образе,/ священномучениче Николае,/ Христа ради пострадавый даже до крове,/ Егоже моли усердно,/ яко Начальника и Совершителя спасения,/ Русь Святую утвердити в Православии// до скончания века.

Кондак, глас 2

Восхвалим, вернии,/ изряднаго во священницех/ и славнаго в мученицех Николая,/ Православия поборника и благочестия ревнителя,/ земли Русския красное прозябение,/ иже страданием Небес достиже/ и тамо тепле молит Христа Бога// спастися душам нашим.

Величание

Величаем тя,/ священномучениче Николае,/ и чтим честная страдания твоя,/ яже за Христа/ во утверждение на Руси Православия// претерпел еси.

Житие.

Родился 15 мая 1889 года в селе Ильгощи Кашинского уезда Тверской губернии (Бежецкого района Тверской области) в семье псаломщика.

В 1913 году он окончил Тверскую духовную семинарию.

Женился на девице Марии. Впоследствии у них родилось шестеро детей.

В том же 1913 году был рукоположен во священника ко храму в селе Петровском Кимрского уезда.

После революции, он был переведен ко храму в селе Лосево Горицкого района.

Терпел заключение 1929—1933 годах на ст. Пинюг кировской области.