Поскольку слухи о чудесном королевстве пресвитера Иоанна стали распространяться как раз в эпоху крестовых походов, то неудивительно, что папа Александр III стал искать с ним союза. Во время Второго крестового похода многие рыцари верили, что пресвитер Иоанн придет им на помощь и поможет вновь отвоевать Палестину у мусульман. Доверие к упомянутым сообщениям было столь велико, что папа Александр III 27 сентября 1177 года даже направил письмо пресвитеру Иоанну через своего эмиссара Филиппа (бывшего его личным врачом по совместительству). Посланник уехал, его долго ждали, но он так и не вернулся. Больше о Филиппе никто не слышал. Что ж, миссия эта была едва ли выполнима, поскольку никто не знал, где находится загадочное королевство.

Идея о царе-первосвященнике на Востоке не могла также не прельстить и императора Фридриха Барбароссу и его окружение. Царь-священник не нуждается в папе, и, таким образом, светская и духовная власть сосредоточивались в одних руках. Отличный прецедент для борющегося с Папой императора. После взятия Милана в одном из его соборов нашли якобы мощи трех царей-волхвов, пришедших с Востока и связанных с царством пресвитера. Они были с триумфом перезахоронены в Кельне – священном городе германских королей. Вскоре в города Аахене, где находилась гробница Карла Великого, была совершена церемония беатификации (причисления к лику святых) этого франкского императора. Но Фридриху Барбароссе необходим был ныне живущий царь-первосвященник. А тут императору удалось закончить многолетнюю войну с гвельфами на приемлемых условиях. Заключение мира ускорил и проект Третьего крестового похода (1189–1192). В походе участвовали также английский король Ричард Львиное Сердце и французский король Филипп II. Барбаросса надеялся, что, разгромив с помощью мощной армии курдского правителя Египта Саладдина (Салах-ад-дина), отнявшего у Запада Иерусалим, он сможет продвинуться дальше на восток и встретить пресвитера Иоанна, который поможет германскому императору сломить всех врагов и стать единоличным главой западного мира. Однако «Господь посрамляет высокоумие мудрецов». Барбаросса погиб, находясь в гостях у своего союзника князя Льва, правителя Киликийской Армении (юг Малой Азии). Согласно общепринятой версии, немолодой император утонул, купаясь в горной речке.

Однако вера людей в существование неподвластного возрасту правителя и его чудесного царства осталась непоколебимой. С падением владений крестоносцев в Палестине слухи о пресвитере Иоанне утихают, но они возрождаются с появлением авангарда армии Чингисхана в Персии и Армении. Когда монголы в XIII веке вторглись в Палестину, христиане, населявшие остатки государств крестоносцев, верили, что Чингисхан был пресвитером Иоанном, пришедшим спасти их от мусульман. Иногда пресвитером Иоанном считали Торгул-Хана, несторианского правителя, побежденного Чингисханом. Монгольского хана Хулагу также считали то пресвитером Иоанном, то сыном его Давидом, а монголов – христианами.

Справедливости ради стоит отметить, что к этому времени в Средней Азии уже была богатая история христианства. Католические миссионеры, ездившие ко двору Чингисхана в Каракорум, а также позднейшие путешественники в течение долгого времени разыскивали в Азии пресвитера Иоанна. Плано-Карпини отводит ему место в Индии; Рубрук считает его государем разбитых Чингисханом каракиданей, смешивая Чингисхана с Ван-ханом кераитским. Марко Поло находит потомков первого пресвитера Иоанна в лице монгольских князьков, несториан, кочевавших в стране Тянь-дэ, или Тендух, в Орд осе. Монте-Корвино и Одорик Фриульский вторят мнению Марко Поло.