Замысел был нелепым, но уже самого существования «Брандтахера» оказалось достаточно, чтобы напугать осторожных датчан и заставить их убрать свой флот от побережья Германии. Это была моральная победа подводного флота, по своему значению сравнимая с эвакуацией флота из Скапа-Флоу в Лоф-Свилли в 1914 году.

Но детище Бауэра вскоре постигла незавидная участь. 1 февраля 1851 года изобретатель в сопровождении двух матросов Уитта и Томсена повел свой маленький кораблик в море. Они долго шли по кильской гавани, и сначала все проходило нормально. Люки были плотно задраены, вентили балластных танков открыты и емкости медленно наполнялись водой. Нос корабля постепенно тяжелел и начал погружаться. «Брандтахер» опускался все глубже и глубже. Неожиданно Бауэр почувствовал, что корабль больше ему не подчиняется. Лодка «клюнула» носом и резко устремилась ко дну. Корпус субмарины застонал, через швы в лодку стала поступать вода. Примитивный ручной насос не мог справиться с опасной ситуацией, к тому же лодка потеряла равновесие, чугунные чушки, уложенные по днищу, сорвались со своих мест и покатились по наклонной плоскости к носу. «Брандтахер» камнем падал на дно, куда он в конечном счете и зарылся носом, заняв при этом почти вертикальное положение.

Казалось, у людей не было никаких шансов спастись. Носовая часть субмарины была затоплена, весь оставшийся воздух скопился в кормовом отсеке. Но Бауэр не потерял головы и объяснил, что можно предпринять для спасения. Если увеличить поступление внутрь лодки воды, воздух в корме начнет сжиматься. Когда давление станет достаточно большим, воздух вытолкнет их на поверхность через кормовой люк. Изобретателю пришлось довольно долго уговаривать двух моряков. Прибавление воды в затопленную лодку казалось самоубийством. Бауэр охрип, доказывая свою правоту, но все-таки добился своего.

Неловко двигаясь в полной темноте, матросы с трудом нашли нужные вентили и начали затапливать лодку. Вскоре давление возросло настолько, что мучительно заболели уши. Дюйм за дюймом черная холодная вода поднималась все выше. Сначала в ней скрылись ноги, но скоро она плескалась под подбородками. Бауэр разместил всех под кормовым люком. Оставалось ждать.

Люк не выдержал колоссального давления. Жалобно лязгнув, он распахнулся, и трех задыхающихся мужчин выбросило на поверхность вместе с воздушным пузырем. Они провели в подводной ловушке почти пять часов.

Но с «Брандтахером» все было кончено. Затопленная лодка покоилась на дне гавани. В течение тридцати семи лет она, забытая, ржавела на дне. В 1887 году ее подняли и поместили в Берлинский музей. Таким образом, первый немецкий эксперимент с подводным кораблем закончился бесславно.

Отнюдь не обескураженный катастрофой, Бауэр отправился в путешествие по европейским столицам в поисках потенциальных заказчиков. Он нашел их только в русском правительстве, для которого построил подводную лодку «Диабль-Марин». Субмарина даже приняла участие в коронации русского царя: на ее борту находился небольшой оркестр, игравший по случаю торжественного события государственный гимн. Из России Бауэр отправился в Париж, где добился встречи с Наполеоном и сумел заинтересовать императора своими идеями. Но к сожалению, все проекты остались на бумаге.

Гражданская война в Америке послужила толчком для бурного развития военной технической мысли. Что касается подводного флота, следует отметить проект «Дэвид». Эти корабли поначалу не были настоящими подводными лодками. Они представляли собой небольшие торпедные корабли, имевшие минимальную надстройку. В движение их приводили небольшие паровые двигатели. В 1864 году конфедераты на основе проекта «Дэвид» построили погружаемые корабли, которые могли идти под водой очень короткое время. Они приводились в движение мускульной силой.