Чтобы как-то исправить положение и изменить отношение ВВС к самолетам, МАП направил в части бригады рабочих и отдельных «гонцов». Одним из них был инженер завода № 1 Зеленухин, сообщавший 19 февраля 1948 года начальнику 10-го главного управления МАП Ярунину, что «самолеты одной из частей 15-й Воздушной армии не эксплуатировались из-за непогоды. В настоящее время эта часть имеет 6 летных самолетов.

30 января был выполнен первый полет, и для части это было целое событие. Командир корпуса объявил летчику благодарность.

Общее преклонение было перед Як-15. После первого полета, который проводился в присутствии инженера армии и командира корпуса, надуманное напряжение несколько разрядилось, а после вылета 8 летчиков во главе с командиром корпуса, мнение резко изменилось, появилось желание летать на «МиГах».

Перед моим отъездом из части вылетели командиры полков и эскадрилий.

Отзывы всего летного состава хорошие».

Как видим, Правительство Советского Союза в погоне за внешним эффектом заставило исправлять ошибки самих же создателей самолетов, и, надо сказать, что они смогли в конце концов реабилитировать МиГ-9, ставший в полном смысле слова боевой машиной.

В ходе последующей эксплуатации, во время подготовки к воздушному параду, 18 июля 1948 года на самолете летчика Фатеева из 1-го Учебно-тренировочного Краснознаменного центра (УТКЦ, аэродром Севастлейка) была обнаружена остаточная деформация верхней обшивки крыла. Выяснилось, что деформация явилась следствием энергичного вывода машины из пикирования, когда перегрузки превышали допустимые 8 единиц, доходя порой до 9,3. Но это был не единичный случай. В связи с этим главный инженер ВВС Марков сообщал Дементьеву и Микояну:

«В процессе летной эксплуатации самолетов МиГ-9 с усиленными по бюллетеню завода № 1 крыльями продолжают иметь место деформации обшивки крыльев и как массовое явление – ослабление заклепок. В отдельных случаях количество ослабленных заклепок достигает 284 на одной плоскости, а деформация обшивки – 3 мм. Кроме того, отмечено появление деформации обшивки хвостового отсека фюзеляжа в районе 21–23 рам (шпангоутов. – Прим. авт.)».

Самолеты МиГ-9 эксплуатировались, в частности в частях 1-й ВА (аэродром Кобрин), 7-й ВА (аэродром ст. Долляр), 14-й ВА (аэродром Городок), 15-й ВА (на аэродроме около Калининграда) и в 16-й ВА под Берлином. В 1949 году МиГ-9 освоил личный состав 177-гоиап 303-й иад (Ярославль). Эксплуатация МиГ-9 в Советском Союзе завершилась, видимо, в 1952 года. Подтверждение тому является единственный экземпляр самолета, хранящийся в Монинском музее ВВС. Последний полет на нем (если не считать подлеты во время съемок фильма «Им покоряется небо») выполнил летчик Соловьев 9 мая 1952 года. Тогда этот день хотя и считался праздничным, но был обычным рабочим.

Значительную часть МиГ-9, снятых с вооружения в СССР передали в Китай, где они прослужили до 1960-х годов.

Интересна судьба единственного МиГ-9, хранящегося в подмосковном Монино. В 1960-е годы в кинотеатрах страны демонстрировался художественный фильм «Им покоряется небо», рассказывавший, главным образом, о создании реактивного первенца МиГ-9. По замыслам создателей ленты, в нем должны были сниматься и эпизоды с испытаниями Як-15, на роль которого подготовили Як-17. Сейчас трудно сказать где «откопали» МиГ-9. Важно отметить, что для этой роли использовался обычный серийный самолет.

Несмотря на то, что машина была доведена на фирме Микояна до летного состояния, во время съемки на аэродроме Чкаловская выполнялись только подлеты – отрыв от ВПП с последующей посадкой. Пилотировал самолет, на борту которого нанесли стрелы и номер 01, Герой Советского Союза, заслуженный летчик-испытатель Л.М. Кувшинов. На Як-17 тоже нанесли стрелы и номер 02. В таком виде они долго экспонировались в Монинском музее.