По прибытии в Нью-Йорк Бейкеру, заявившему в суде о своей неспособности нанять адвокатов, были назначены бесплатные адвокаты Чарльз Сильвестер (Charles L. Sylvester) и его помощник Джеймс Мюррей (James D. C. Murray). Расследование в Нью-Йорке вёл окружной прокурор Томас Ч. Т. Крейн (Thomas C. T. Crain).

На первом этапе он столкнулся с тем, что доказать причастность Бейкера к отравлению Генри Гау оказалось довольно сложно ввиду того, что никто никогда не видел у Бейкера яда и не слышал рассказов о наличии у него вещества, которое может быть использовано как яд. Подвело и нетвёрдое опознание подозреваемого дальнобойщиками Мейхемом и МакКолеем, Поэтому, как это ни покажется кому-то удивительным, на первом этапе Джеймс Бейкер был обвинён лишь в хищении 20$ из бумажника Генри Гау, и именно на основании этого обвинения был оформлен первый ордер на арест убийцы.

В дальнейшем обвиняемый делал взаимоисключающие заявления, и трудно сказать, являлось ли подобное поведение следствием его душевной болезни или же представляло собой хорошо продуманную тактику по развалу следствия. Уже 27 февраля Бейкер признался судье Моррису Кёнигу (Morris Koenig) в убийстве Гау и ещё 2-х человек, чьи имена он якобы не знал. А менее чем через неделю – 4 марта, в судебном заседании по поводу назначения залога – он заявил, что никого не убивал и никогда не признавался в убийствах людей. Газетчики, следившие за поведением обвиняемого в ходе этого заседания, описали Бейкера как «сдержанного и серьёзного» молодого мужчину («Subdued and serious»). Несмотря на заявление о своей полной невиновности, в освобождении под залог Бейкеру было отказано, что вызвало немалое его удивление.

Несколько позже обвиняемый с видом оскорблённой невинности отверг подозрения в собственной гомосексуальности и заявил, что у него есть «дама сердца» – некая Элеонор Рэй (Eleanor Ray), девушка, проживавшая не ферме неподалёку от Фармингтона. Настаивая на своей абсолютной гетеросексуальности, Бейкер признался, что имел намерение убить некоего соперника, также искавшего расположения Элеоноры, и даже пошутил, что его противник не знал, насколько рисковал, противопоставляя себя ему! После этого признания Бейкер опять вернулся к рассказам о совершённых убийствах и для подтверждения того, что он очень опасен, рассказал, как убил мужчину в городке Айлоайло (Iloilo) в штате Пенсильвания. Это было нечто новое – прежде Бейкер в этом убийстве не сознавался.

После этого признания последовало ещё одно. Джеймс рассказал, что 20 января 1929 г. убил железнодорожного детектива Уолтера Ои (Walter Aue). По его словам, детективу что-то не понравилось во внешнем облике Бейкера, и он потребовал, чтобы Бейкер подошёл. Джеймс сделал вид, будто не расслышал сказанное, но детектив повысил голос и пригрозил выстрелить. Бейкер снова проигнорировал обращённые к нему слова, вынудив тем самым детектива выстрелить. Уже после того, как полицейский применил оружие, Бейкер стал стрелять в ответ и выпустил в детектива в общей сложности 5 пуль.

Это были, конечно же, поразительные рассказы! На протяжении всего лишь 2-х недель Бейкер сообщил об убийствах в общей сложности 11 человек, то давая признательные показания, то отзывая их.

Попытки проверить утверждения приводили к результатам, мягко говоря, неоднозначным. Так, в частности, в городке Ньютон-Фоллс (Newton Falls), в штате Огайо, удалось отыскать Генри Паркса (Henry Parks), того самого отчима, которого Бейкер якобы застрелил в возрасте 14 лет. Оказалось, что подросток действительно стрелял в него, но ранил в ногу, и мужчина выжил. Детектив Уолтер Ои действительно был убит в январе 1929 г. при исполнении служебных обязанностей, но произошло это не так, как рассказывал Бейкер. Более того, преступление это произошло на глазах свидетелей, так что ошибочность «признания» обвиняемого не могла быть оспорена.