Как известно, официальный Таллин рассматривает советский период как «оккупацию», которая приостановила существование независимой Эстонской Республики де-факто, но не де-юре. Следуя подобной трактовке событий, эстонский парламент законодательным путем установил принцип реституции в сфере международного права, имущественных отношений и гражданства. Например, с точки зрения эстонских властей все еще сохраняет свое действие Тартуский (Юрьевский) мирный договор 1920 г., в котором большевистское правительство признало независимость Эстонии. Россия же считает, что данный договор юридически и фактически прекратил свое действие после того, как Эстония стала частью СССР в 1940 г.

Вопрос о гражданстве ЭР был окончательно решен в 1992 г. через введение в действие Закона о гражданстве 1938 г. Этим была установлена юридическая фикция, что нормы указанного закона действовали все годы советской власти. Лица, которые в 1991 г. являлись постоянными жителями и гражданами ЭССР, но не являлись на16 июня 1940 г. гражданами довоенной Эстонской Республики или их потомками, стали «иностранцами», юридическое основание для пребывания которых на территории Эстонии определил принятый 8 июля 1993 г. Закон об иностранцах. Этим же актом «иностранцам», которые имели на 1 июля 1990 г. постоянную прописку ЭССР и чье правовое положение соответствовало требованиям закона, было гарантировано получение вида на жительство (сначала временного) и разрешения на работу.

Эстонское гражданство было сразу предоставлено также тем лицам, которые имели бы на него право согласно статье 4 Закона о гражданстве в довоенной редакции. Прежде всего это касалось женщин, которые вышли замуж за граждан Эстонии в советское время, и их детей, которые на момент заключения такого брака были моложе 18 лет.

Применение Закона о гражданстве привело к ситуации, когда значительная часть населения Эстонии оказалась после развала СССР вовсе без какого-либо гражданства. В начале 1990-х гг. особая проблема апатридов – бывших советских граждан – заключалась в том, что эстонские власти не признавали их статус, считая, что если Россия провозгласила себя правопреемником СССР, то и бывшие граждане СССР должны считаться гражданами РФ (если не имеют иного гражданства). В данном случае было намерение решить вопрос о гражданстве бывших поданных СССР без учета их мнения и желания. Эта политика в основном проводилась через затягивание предоставления лицам без какого-либо гражданства документов для зарубежных поездок. С учетом норм и принципов международного права такой подход был слишком спорным, поэтому от него отказались, хотя и не сразу.

При обсуждении с Эстонией вопроса о гражданстве Россия обычно ссылается на подписанный 12 января 1991 г. Договор об основах межгосударственных отношений между РСФСР и Эстонской Республикой. Параграф 1 Статьи 3 установил, что стороны соглашения берут на себя обязанность обеспечить лицам, которые в момент подписания живут на территории ЭР и РСФСР и являются гражданами СССР, право сохранить или получить гражданство ЭР или РСФСР «по их свободному волеизъявлению». Согласно параграфу 3 этой же статьи, «связанные с гражданством вопросы, представляющие для сторон интерес, согласуются особо в двустороннем соглашении, которое основывается на международных нормах». Статья 4 договора предоставила всем лицам вне зависимости от национальности право выбирать гражданство согласно законодательству страны проживания и договору, заключенному между РСФСР и ЭР по вопросам гражданства.

Наиболее предпочтительным толкованием этих статей станет предположение, что в них рассматривается применение и в России, и в Эстонии так называемого нулевого варианта, то есть предоставление гражданства всем желающим. Однако декларативные положения договора так и не были раскрыты в специальном соглашении, причем противилась этому эстонская сторона.