Потеря интереса к русской иконе и новые революционные пристрастия в искусстве могли быть не единственными причинами рокового участия Щекотова в разгроме иконного отдела Исторического музея. Осознанно или нет, но на судилище в ГИМ он представлял интересы другого музея – Третьяковской галереи. Хотя Щекотов успел побыть и директором ГИМ (1921–1925), и директором ГТГ (1925–1926), он, видимо, был пристрастен к Третьяковке. Это пристрастие имело как личные, так и профессиональные причины. В самом начале ХХ века молодой Щекотов тесно общался с Остроуховым, который был попечителем галереи, и по его совету и рекомендации в 1908 году начал профессиональную карьеру именно в этом музее, помогая хранителю икон Н. Н. Черногубову. В Третьяковке молодой Щекотов проработал вплоть до ухода на мировую войну. После германского плена Щекотов вернулся в галерею, став членом Ученого совета и закупочной комиссии ГТГ (1918–1926). В то время, в 1920 году, он писал, что есть все основания надеяться на формирование в галерее иконной коллекции, которая станет в скором времени одной из крупнейших в России[199]. Решение Наркомпроса 1924 года о специализации Третьяковской галереи в светской живописи XVIII–XIX веков, возможно, раздосадовало его, но политическая травля Анисимова представила новый шанс. Став заведующим отделом исторического портрета (иконографии) ГИМ (1926–1930), Щекотов вряд ли порывал связь с Третьяковской галереей. Не случайно же в 1934 году он стал зам. директора ГТГ по научной работе. Эту должность он занимал до 1937 года.
Не только личная и профессиональная связь с Третьяковской галереей, но и то, как Щекотов понимал икону, определили его отношение к иконному собранию Исторического музея. Щекотов новаторски считал икону произведением искусства, из чего следовало, что место ей – в художественной галерее, а не в историко-бытовом или археологическом музее, каким в то время представлялся Исторический музей. Еще в начале 1919 года на самой первой музейной советской конференции в Петрограде в Зимнем дворце, который тогда по-революционному назывался Дворцом искусств, Щекотов, в то время член Всероссийской коллегии по делам музеев и охране памятников искусства и старины, сделал доклад о создании художественного национального музея. Он настаивал на том, что такой музей живописной культуры должен быть создан на основе Третьяковской галереи. После всего сказанного стоит ли удивляться, что Щекотов требовал ликвидации иконного отдела ГИМ и не стал препятствовать передаче шедевров древнерусского искусства в Третьяковскую галерею? Его поведение на январском судилище в Историческом музее в 1929 году, таким образом, не было странным, напротив, оно было логичным и закономерным. АХРРовец Щекотов, потерявший интерес к исследованию русской иконы, тем не менее оставался верен революционному открытию своей молодости.
В Историческом музее никто открыто не встал на защиту Анисимова и его отдела, однако у икон защитники все-таки нашлись. Завотделом нумизматики ГИМ Алексей Васильевич Орешников и замдиректора по просветительской работе Анна Мартыновна Бирзе