В ноябре 1943 г. были созданы Главное командование и Главный военный штаб УПА, которым подчинялись все отряды на территории Западной Украины. Последняя, в свою очередь, делилась на три «края» или «генеральных военных округа» (ГВО). Первоначальная УПА, созданная на территории Волыни и Полесья, стала называться УПА-Север. Бывшая УНС в Галичине, как мы уже писали – УПА-Запад. Была создана также УПА-Юг на территории Каменец-Подольской (ныне Хмельницкой) области, Винничины и южных районов. Краевой войсковой штаб УПА-Юг был организован в конце января 1944 г. в южной Ровенщине. Он контролировал также территорию, на которой действовали отряды военного округа «Богун» из УПА-Север. В некоторых документах УПА-Юг иногда именуется УПА-Восток.

УПА-Север по-прежнему возглавлял Дмитрий Клячковский, УПА-Запад возглавил Василь Сидор («Шелест»), который сменит схваченного чекистами Александра Луцкого, а УПА-Юг – Василь Кук («Лемиш»). Наиболее организованной и боеспособной из них, безусловно, являлось УПА-Запад. В 1944 г. она состояла из шести военных округов. Первым военным округом (г. Львов) командовал «Хмара», вторым военным округом («Буг») (Львовская область, Любачевщина и Холмщина) Остап Линда («Ерема»), третьим округом («Лисоня») (Тернопольская область с Рогатинщиной без Кременетчины) – Омельян Полевый («Очеред»), четвертым («Говерла») (Станиславская (ныне Ивано-Франковская) область с Буковиной без Рогатинщины) – Иван Будковский («Гуцул»), пятым (Дрогобычская область) – Иван Белейлович («Дзвинчук»), шестым («Сан») (Лемковщина, Перемышлыцина и Ярославщина) – Яков Черный («Ударник»).

Однако такую структуру УПА-Запад сохраняла только в течение года. Позднее она была переформирована. Первый и пятый округа были ликвидированы и включены в соседние. Весь командный состав их также сменился. Львовский ВО «Буг» в 1944–1946 гг. возглавлял Василь Левкович («Вороний»), Подольский ВО «Лисоня» в 1943–1944 гг. – Омельян Полевый («Очеред»), в 1945–1946 гг. – Осип Беспалко («Остап»), в 1947 г. – Владимир Якубовский («Бондаренко»), Карпатский ВО «Говерла» в 1944–1949 гг. – Микола Твердохлеб («Гром»), Закерзоньский ВО «Сан» в 1945–1947 гг. – Мирослав Онишкевич («Орест»).

На территории 4-го военного округа «Говерла» помимо трех тактических участков, находившихся в непосредственном подчинении командующего «Говерлы», имелся и «отдельный» участок «Макивка», который подчинялся непосредственно главнокомандующему УПА Роману Шухевичу.

Хотя УПА действовала на значительной территории западной Украины, южной Белоруссии (250 групп численностью от 25 до 500 человек только в 1944–1946 провели 2384 диверсии и теракта, убив 1012 человек, к апрелю 1953 органами МГБ было уничтожено более 3000 и арестовано 1300 оуновцев) и юго-восточной Польши, а частично также на территории Чехословакии и центральной (включая Киевскую и Житомирскую области, где была в июле 1947 г. ликвидирована действовавшая с 1944 г. повстанческая группа «Деркача») и южной Украины, однако наиболее крупные и боеспособные ее отряды были сконцентрированы на территории военных округов «Говерла» и «Сан». Их командующие Микола Твердохлеб и Мирослав Онишкевич могут считаться наиболее удачливыми среди «полевых командиров».

Главкомом УПА после реорганизации в 1944 г. стал знаменитый Роман Шухевич («Тарас Чупринка»). Начальником Главного военного штаба был назначен Дмитрий Грицай («Перебейнос»), его заместителем – Олекса Гасин («Лыцарь»), военный референт центрального провода ОУН. Штаб состоял из его начальника, который был одновременно заместителем главнокомандующего УПА, и семи отделов: оперативного, разведывательного, хозяйственного, кадрового, боевой подготовки, политвоспитания и военных инспекторов.