Многие хантыйские, мансийские и другие племена перешли в подданство Русского государства, так же как буряты, которым грозило полное разорение и физическое уничтожение со стороны монгольских и ойратских ханов. Организация единого управления народами Сибири способствовала прекращению длительных и частых межплеменных и межродовых войн. В результате присоединения Сибири к России установились экономические и культурные связи сибирских народов с русским народом, что имело важнейшее значение для дальнейших исторических судеб народов Сибири.

В конце 16—17 вв. началась крестьянская земледельческая колонизация Сибири. Вследствие усиления закрепощения крестьян в центре России росло переселенческое движение крестьян в Сибирь. Русское крестьянство создало земледелие здесь (до этого были лишь слабые зачатки его у западносибирских татар, южных манси, качинцев, бурят и др.). Правительство использовало вольную крестьянскую колонизацию, организуя «государевы слободы» и сажая крестьянство на «государеву пашню» (обработка в пользу казны известного количества десятин или сдача в виде оброка определённой части урожая). Правительство также принудительно переселяло крестьян из России, с «черных земель», с каждой сохи по определённому числу людей, практиковало ссылку «в пашню» и, наконец, призывало селиться в Сибири «охочих, гулящих людей». Эти меры должны были привести к развитию земледелия в Сибири, уменьшив дорогостоящий ввоз хлеба из России. Всё пашенное и оброчное крестьянство находилось на положении государственных крестьян. Крепостное право возникло только в земельных владениях церквей и монастырей, которые основывались в Сибири; в 18 в. к заводам на Алтае и Нерчинским заводам были приписаны крестьяне.