Сочинения Сковороды при жизни не публиковались и распространялись в рукописных копиях. Некоторые из его стихотворных произведений стали весьма популярными песнями, в частности, знаменитая Песнь 10-я из сборника «Сад Божественных Песней»:

Перу Сковороды принадлежит трактат по христианской этике «Начальная Дверь ко Христiянскому Добронравiю», несколько философских диалогов и трактатов – «Наркiсс», «Симфонiа, нареченная Книга Асхань о Познанiи самаго себе», «Дiалог, или Разглагол о древнем мiре», «Разговор Пяти путников о истинном щастiи в жизни», «Кольцо», «Разговор, называемый Алфавит, или Букварь Мира», «Книжечка о Чтенiи Священнаго Писанiя, нареченна Жена Лотова», «Дiалог. Имя ему: Потоп змiин» и др., две притчи – «Благодарный Еродiй» и «Убогiй Жайворонок» и две великолепные «мениппеи» – «Брань Архистратига Михаила со Сатаною о сем: Легко быть Благим» и «Пря Бесу со Варсавою». Сковорода – автор разножанровой лирики (сборник «Сад Божественных Песней, прозябшiй из зерен Священнаго Писанiя», «Разговор о Премудрости», «De libertate», «In Natalem Jesy», «Quid est virtus» и др.), басен в прозе (сборник «Басни Харьковскiя»), стихотворных «фабул» («Fabula», «Fabula de Tantalo»), переводов греческих (Плутарх Херонейский), латинских (Теренций, Цицерон, Гораций) и новолатинских (М. А. Муре, С. де Гозий) писателей. Следует упомянуть и многочисленные письма, в том числе латинские в большинстве своем послания М. Ковалинскому.

Распространенное мнение о Сковороде как «философе без системы» является, безусловно, анахронизмом. Форму систематизаторского трактата Сковорода, в самом деле, не любил. Однако цельность его натуры и жизни как опыта свободного построения своего бытия проявилась и в цельности его мышления – мышления поэта и философа позднего провинциального барокко. Главные моменты метафизики Сковороды и формы ее вербально-иконического выражения (персоналистически истолкованный платонизм, доктрина «безначальной истины» и Софии-Премудрости Божией, библейская герменевтика, диалогические жанровые структуры) являют собой остроумное единство барочного «концепта», вобравшего в себя и оригинально структурирующего многообразие идей, тем и образов предшествующих эпох европейской культуры.

В учении Сковороды вполне отчетливо можно выделить следующие традиционные аспекты:

теология: учение о сверхсущем Едином, о Божестве и ступенях его эманации, неоплатоническая интерпретация христианской тринитарной доктрины в форме учения о трех мирах, теодицея;

онтология: платонизированное учение о двух натурах и трех мирах как метафизическая парадигма диалектики сверх-сущего, сущего и не-сущего;

гносеология: обретение истины на пути «эротического» восхождения к «первоистоку»-αρχή, герменевтическая природа познания ноуменального уровня вещей, «познай самого себя», онтологическое понимание истины;

антропология: учение о «внутреннем человеке» – отрасли божественного Логоса, взаимоотражение микро- и макрокосма в связи с проблемой θέωσίς'а (обожения), апокатастасис и связанное с ним дистанцирование от христианской инкарнационной мистерии, понимание человека как сущности, владеющей бытием-для-себя;

этика: персоналистический мимесис идеи человека, «неравное всем равенство», αυταρκεια (самодостаточность), аскеза;

эстетика: прекрасное – идеи вещей в интеллигибельном свете Единого, безбразное – µη ον, результат утраты эйдосами своей самотождественности; творчество как демиургическая работа над становлением вещей на пути приведения небытия к Бытию.