В военные и послевоенные годы органам НКВД было не до борьбы с религией как таковой: она будет впереди. Их занимали больше вопросы безопасности, т. е. недопущение использования религии с целью контрреволюции, которую они видели в каждом искренно верующем человеке. В этом плане руководство ВСЕХБ вполне устраивало НКВД. Оно служило как бы гарантом во взрывоопасной военной и послевоенной политической обстановке. Но в то же время власти очень опасались быстро растущего, прогрессивного евангельского движения. Они видели, сколько тысяч охладевших и отпавших верующих возвращалось с покаянием в церкви, сколько новых душ обращалось из мира. Они не могли остановить массового присоединения к ВСЕХБ родственных вероисповеданий с освобождающихся западных территорий. Пораженный, поверженный во прах, но не побежденный «великан» пробуждался, расправлял свои могучие плечи и поднимался, набирая силы. «Вы ничего не успеваете!» – говорили тогда атеистическим пропагандистам.

Чтобы приостановить это движение, власти в 1949 году прекратили регистрацию общин и быстрыми темпами начали закрывать официально действовавшие церкви по всему СССР. Запретили ВСЕХБ издавать журнал и ужесточили многие другие ограничения законодательства о культах, на которые ранее смотрели сквозь пальцы. В центральное руководство ВСЕХБ и на местах насаждали своих людей, вели усиленную обработку кадров.

В 1947 году вышел указ, ужесточавший 58-ю политическую статью, повысивший срок наказания до 25 лет лишения свободы. На скамье подсудимых оказались старшие и местные пресвитеры, проповедники и активные члены зарегистрированных и незарегистрированных общин, и сибирские лагеря снова стали наполняться верующими. Однако смерть Сталина в 1953-м и расстрел Берии в 1954-м приостановили этот процесс. Новые правители поняли, что евангельские христиане-баптисты – это честные и добросовестные советские люди, они никогда не участвовали ни в каких контрреволюционных выступлениях. Это особенно показали в 1956 году результаты работы правительственной Комиссии по пересмотру уголовно-политических дел массовых репрессий времен культа личности Сталина. Тогда все верующие были реабилитированы.

Новое правительство, в сущности, не изменило своего враждебного отношения к религии, которая из политического врага превратилась во вреднейшую для общества и государства идеологию, с которой необходимо было покончить в ближайшие годы. А как? Во второй половине 50-х годов коммунистическая партия и правительство объявили борьбу с религией своей генеральной линией и повели массированное наступление на Церковь по всем трем направлениям. Идеологически-атеистической обработке стали усиленно подвергать всех советских людей, начиная с детских садов и до глубокой старости. На всю мощь заработали соответствующий отдел министерства образования, пропагандистский отдел КПСС – многомиллионная армия лекторов, газетных корреспондентов, писателей, кинорежиссеров и телевизионщиков. На людей обрушился огромный поток ложной информации о верующих. В 1959 году был подготовлен новый кодекс законов, прошла реформа судопроизводственной и исполнительной карательных систем. Вместо 58-й политической статьи появились новые, не менее оскорбительные формулировки уголовных статей и указов, например: посягательство на личность, тунеядство, паразитизм, мракобесие и т. п. Верующих отцов и матерей повсеместно лишали родительских прав, детей у них отнимали и помещали их в детские дома в других городах. В этом отношении активно подвизались школьные и общественные организации, горисполкомы и горкомы коммунистической партии. Сильно нагнетали враждебную атмосферу в отношении верующих клеветнические газетные статьи, прорабатываемые на производствах, в учебных заведениях, с ходатайством об увольнении верующих с места работы и возбуждении против них уголовных дел. Строились новые, закрытого типа, тюрьмы, строгие и особые лагеря за колючей проволокой, готовились отдаленные места для ссылок.