Воеводы тверского князя Бориса Александровича князья Андрей и Михаил Дмитриевичи отправились в погоню за войском Дмитрия Юрьевича, но так и не смогли догнать его. Шемяка ушел в Заволочье, а зимой 1452/1453 г. вернулся в Новгород.

Василий II не рискнул послать войско на Новгород, чтобы захватить Шемяку. Уже много столетий русские и даже литовские князья, потерпевшие неудачу в усобицах, приезжали в Господин Великий Новгород и находили там приют. Причем Новгород ни разу не выдавал изгнанников и даже не мешал их свободе передвижения – они могли покидать республику и возвращаться.

Конечно, московским боярам было плевать на вековые неписаные законы Руси. Но войны и грабежи татар, приведенных Василием II, окончательно разорили Московское княжество. А богатая республика имела храброго и опытного полководца, и поход на Новгород мог обернуться полным разгромом и даже приходом Шемяки в Москву.

За неимением лучшего в дело пустили митрополита Иону. Сохранились два послания, направленные в это время Ионой в Новгород и касавшиеся непосредственно Дмитрия Шемяки. В одном из них (точно датировать это послание не удается) Иона писал новгородскому архиепископу Евфимию, что уже неоднократно посылал ему своих послов с грамотами и речами. Новгородцы и князь Дмитрий должны были по «опасным грамотам» прислать своих послов, последний «с чистым покаянием», «без лукавства». Новгород и Псков посылали уже своих послов, «но прислали ни с чем», да и князь Дмитрий «прислал своего боярина Ивана Новосильцева… ни с чем». Он к тому же «грамоты посылает тайно, а с великою высостию: о своем преступленьи и о своей вине ни единого слова пригодного не приказал». Василий II милостиво пожаловал Новгород, «полон их к ним велел отпущати, и без окупа». А князю Дмитрию следует «бити челом, с покаянием, от чиста сердца». Митрополит надеялся также, что для продолжения переговоров из Новгорода приедут новые послы.

Во втором послании, скорее всего от 29 сентября 1452 г., Иона писал Евфимию, что до него дошли его «речи». В них Евфимий писал: «…будтось яз посылаю к тобе и пишу о князи Дмитреи Юрьевичи, а называя его сыном». Но посмотри в ту посланную мной грамоту, ведь в ней «не велю с ним ни пити, ни ести? Занеже сам себе от христианства отлучил… (пропуск в рукописи) своему брату старейшему великому князю Василию Васильевичу, а еще он же, своею волею, какую великую церковную тягость на себе положил и неблагословение всего великого Божиа священьства, да и грамоту на себе написал, что ему потом брату своему старейшому великому князю и всему христьанству лиха никакого не хотети, ни починати; да то все изменил».

Евфимий писал митрополиту Ионе, что прежде князья приезжали в Новгород «и честь им въздавали по силе», а митрополиты таких грамот, как Иона «с тягостию», не присылали. Но ведь тогда и князья такого лиха не чинили, как Шемяка, возражал ему Иона. Князь Дмитрий ведь «княгиню свою, и дети, и весь свой кош оставя в вас в Великом Новегороде, да, от вас ходя в великое княжение, христианство губил». Митрополит писал, чтобы Евфимий с посадником, тысяцким и Великим Новгородом послали «с челобитьем и со всею управою» к Василию II, и обещал за них «печаловаться».

Как видим, «идеологическая атака» не удалась. Тогда Василий II решил покончить с соперником иным образом. В Новгород отправился посол дьяк Василия Степан Бородатый с большой суммой денег и «лютым зельем». Ему удалось подкупить боярина Шемяки Ивана Котова, а тот, в свою очередь, подкупил повара, служившего Шемяке. И прозвище-то было у повара вполне подходящее – Поганка. И вот Поганка поднес князю яд «в куряти». Дмитрий болел 12 дней и 17 июля 1453 г. скончался.