20 мая. Французская армия вновь пошла берегом моря, но уже в сторону Египта, генерал Клебер командовал арьергардом. Много пушек и каронад были испорчены и брошены в море. Осажденные обнаружили снятие осады только 21 мая. Осада Акры продолжалась 62 дня. К началу осады Наполеон располагал 13 000 человек. За время осады французская армия потеряла 500 человек убитыми, в том числе ряд выдающихся офицеров: дивизионного генерала Бона, бригадного генерала Рамбо, капитана Круазье (адъютант Наполеона), полковников Буайе (18-й линейный полк) и Вену (25-й). Наибольшей потерей для Франции, по словам Наполеона, была смерть генерала Каффарелли дю Фальга. Ранено было 2500 человек, 800 из них вернулись в строй, 700 умерло в госпиталях. По сведениям Наполеона, подкреплений в осаждённую Акру прибыло в общей сложности 15 000 человек, на момент снятия осады осталось 5000. Таким образом, потери турок составили 10 000 убитыми, ранеными и пленными. Несмотря на то, что Наполеону пришлось оставить Сирию, он достиг одного немаловажного результата – с таким трудом собранные турецкие армии были разбиты либо сильно потрёпаны, и больше не могли угрожать Египту.

14 июня. Армия Бонапарта вернулась в Каир. Бонапарт был торжественно встречен. Здесь он снова проявил кипучую деятельность: ему удалось привлечь на свою сторону мусульманское духовенство, которое объявило его «любимцем великого пророка».

июнь. Мамелюки снова стали собираться в отряды под предводительством Осман-бея и Мурада. Первый имел в виду соединиться с Ибрагим-беем, а второй намеревался двинуться к Наторским озёрам. Узнав об этом в июне, Бонапарт выслал против Осман-бея отряд Лагранжа, который и разбил его в оазисе Сабабиат, вынудив бежать в пустыню. Бонапарт двинулся из Каира, чтобы отрезать путь отступления Мураду, но последний благополучно отступил в Верхний Египет.

18 июня. Произошедшим во Франции переворот был бескровным. Он стал результатом борьбы за власть между Советами (Совет старейшин и Совет пятисот), законодательными органами Директории, и самой Директорией, исполнительным органом. Он сделал Эмманюэля Жозефа Сийеса доминирующей фигурой во французском правительстве. За победой неоякобинских сил последовала перетасовка кабинета министров в их пользу. Баррас и Сьейес попытались убедить де Ларевельер-Лепо и Мерлена добровольно подать в отставку, но те отказались. Дневное заседание Директории было посвящено этому вопросу. Баррас вышел из себя, взбешённый упорством Мерлена. Журдан и Буле также уговаривали директоров подать в отставку, не доводя дело до вооружённого столкновения. Это не было пустой угрозой – генерал Жубер, недавно назначенный командиром 17-й военной дивизии в Париже, организовал перемещение войск к столице. Совет старейшин также прислал для убеждения директоров делегацию из 12 депутатов, во главе которой стоял будущий бонапартист Ренье. Наконец Мерлен не выдержал нажима и согласился уйти с поста директора. Узнав об этом, де Ларевельер-Лепо также сдался. К вечеру 18 июня де Ларевельер-Лепо и Мерлен подали прошение об отставке. На следующий день Советы встретились для выбора преемника Мерлена. Старейшины вновь предпочли военным кандидатам гражданского; им стал Дюко. На следующий день выбирали преемника де Ларевельер-Лепо, и в этот раз их принудили выбрать военного; им стал генерал Мулен. Переворот сильно пошатнул престиж Директории. Союз Сьейеса и Барраса оказался лишь временным,и вскоре они вступили в противоборство между собой. Директория вновь оказалась расколотой на две части. В одной, придерживающейся якобинских тенденций, были Баррас, Мулен и Гойе, а Сьейес и Дюко сформировали лагерь «ревизионистов». Баррас, который не хотел или не мог явно встать во главе якобинцев во время отстранения двух директоров, быстро потерял влияние и оказался под атаками как умеренных, так и левых сил. В военном отношении он мог рассчитывать лишь на Бернадота, которого ввёл в правительство. После событий 30 прериаля власть Советов несколько укрепилась, но оставалась чисто парламентарской. Также упрочилось влияние генералов: Бернадот был назначен министром вооружённых сил,а Журдан получил командование Итальянской армией. Шампионне торжествовал: он был освобождён от всех обвинений и почти тут же снова получил командование. Через несколько недель были отозваны гражданские комиссары, которые наблюдали за генералами, к явной радости последних.