27 мая. К экспедиции присоединились 2 полубригады генерала Вобуа, снаряжённые на Корсике; но вследствие небольшого размера корсиканских судов пришлось большую часть этих войск распределить по линейным кораблям и большим транспортам французского флота. Пока Египетская экспедиция занималась этой опасной операцией, причём появление даже слабого противника могло разрушить весь план Бонапарта, Нельсон выходил с тремя кораблями из бухты Сан-Пьетро. За 4 дня он исправил свои повреждения и двинулся не в Гибралтар для капитального исправления, а к Тулону, где он мог встретиться с многочисленным неприятелем. 31 мая Нельсон был перед Тулоном и узнал об уходе экспедиции, но, разлучившись со своими фрегатами, не смог собрать никаких сведений даже о направлении, принятом французами. Кроме того, наступили штили, и Нельсон не мог тронуться с места. 5 июня его нашёл бриг, высланный вперёд капитаном Троубриджем, который вёл подкрепления, и 11 июня Нельсон стал во главе эскадры из 14 линейных кораблей. Надеясь настигнуть экспедицию в открытом море, Нельсон принял следующий план нападения: 2 дивизии по 5 кораблей должны были обрушиться на эскадру Брюэса, а 3-я дивизия из 4 кораблей, под командованием Троубриджа, должна была топить транспорты с войсками. Опасность для Египетской экспедиции, если бы она была застигнута в море, была огромна: такая встреча наверно окончилась бы её полным разгромом, и только ряд счастливых случайностей спас Бонапарта. До 29 мая он ждал присоединения транспортов из Чивита-Веккии, а затем медленно двинулся на юг. 2 июня судно из Генуи принесло известие о посещении Нельсоном бухты Сан-Пьетро и уходе его оттуда 27 мая. На следующий день один из фрегатов донёс, что за ним гнался английский военный корабль. Это заставило опасаться за судьбу ожидаемых транспортов, навстречу которым был послан отряд из 4 линейных кораблей и 3 фрегатов; но он возвратился ни с чем. 4 июня Бонапарт решил больше не ждать и направиться к Мальте; но, проходя остров Моритимо, он узнал, что транспорты уже прошли мимо накануне, и когда 9 июня Египетская экспедиция подошла к Мальте, транспорты уже крейсировали там с предыдущего дня. Им было отказано во входе в гавань для наливки пресной водой; этим воспользовался Бонапарт, как предлогом для нападения на Мальту.

июнь. Наполеон потребовал от мальтийских рыцарей позволить его кораблям встать на стоянку в гавани Валлетты и пополнить припасы, однако гроссмейстер Фердинанд фон Гомпеш йотказался выполнить требования, сославшись на то, что порт мог вместить только два корабля, поскольку Мальтийский орден занимал позицию нейтралитета. В ответ на это Наполеон приказал флоту обстрелять Валлетту. 11 июня войска генерала Луи Бараге д’Илье высадились на острове в семи точках. Французские рыцари из ордена дезертировали и не оказали никакого сопротивления революционным войскам, а оставшиеся силы оказались не в состоянии задержать французов. Около 2 тысяч ополченцев держались порядка суток, прежде чем город Мдина был захвачен генералом Клодом-Анри Бельграном де Вобуа. Несмотря на то, что Валлетта могла в принципе выдержать длительную осаду, Гомпеш после переговоров согласился сдаться на милость Бонапарту и передать все ресурсы острова в обмен на имения и пенсии для гроссмейстера и его рыцарей. Наполеон, приняв капитуляцию мальтийских рыцарей, разместил гарнизон численностью 4 тысячи человек и отправился 19 июня в Александрию с оставшимися силами экспедиционных войск. Во время пребывания Наполеона на острове его резиденцией был Палаццо-Паризио в Валлетте. Наполеон издал ряд распоряжений и провёл серию реформ, которые были основаны на принципах Первой республики. Реформы подразделяются на социальные, административные, образовательные и реформы в плане отношения церкви и государства. Мальтийцам были гарантированы равные права перед законом, всех их признали гражданами Рима. Были упразднена мальтийская аристократия и отменено рабство, освобождены все политические узники (в том числе Микель Антон Вассалли и лидеры восстания священников). Французами гарантировались свобода слова и печати, хотя единственной газетой была правительственная