Но и рыцарем в белых перчатках он тоже не был. 1 июня 1907 года Столыпин сделал в закрытом заседании II Государственной думы заявление, на основании которого она была распущена и произведён через два дня государственный переворот – изменён избирательный закон, что делать без её согласия было нельзя. П. А. Столыпин не мог не знать, что в основе его заявления – грязная провокация, состряпанная охранкой через своих агентов Бродского и Шорникову, и всё же воспользовался ею в политических целях: I и II Думы явно не вписывались в самодержавную систему, и надо было создать новую Думу, более покладистую, а для этого, по мнению Петра Аркадьевича, все средства были хороши! Третьеиюньский государственный переворот знаменовал собой конец революции 1905–1907 годов. Долгожданное «успокоение» было установлено, теперь надо было переходить к выполнению второй части обещанной формулы – реформам.
Но сделать это оказалось отнюдь не так легко, как это мыслилось первоначально П. А. Столыпину. Его политические друзья справа считали, что в ходе революции и так уж слишком много сделано уступок (манифест 17 октября 1905 года, указ 9 ноября 1906 года, которым была предопределена аграрная реформа, получившая название столыпинской), и речь должна поэтому идти не о новых реформах, а об «усечении» старых. Однако Столыпин не собирался отказываться от своих планов и со свойственной ему твёрдостью пошёл напролом в проведении реформ. Они конечно же не могли изменить основ самодержавия, верным слугой которого он был, но должны были хоть чуть-чуть модернизировать его.
Однако коса нашла на камень. Царь был крайне слабовольным человеком и, как часто случается с подобными людьми, столь же упрямым. Николай II не терпел в своём окружении ни людей с твёрдым характером, ни тех, кто превосходил его умом и широтой кругозора. Он считал, что подобные лица «узурпируют» его власть, «оттирают» самодержца на второй план, «насилуют» его волю. Именно поэтому не пришёлся ко двору С. Ю. Витте, а теперь наступала очередь второго по величине после Витте государственного деятеля России начала XX века – П. А. Столыпина. Реформы, задуманные им (преобразование местного управления, государственное страхование рабочих, введение всеобщего начального образования, законодательство о старообрядческих общинах, введение земства в западных губерниях и т. д.), не грозили устоям самодержавия, но революция была побеждена, и, как считали Николай II и его подсказчики из Совета объединённого дворянства, побеждена навсегда, а посему никаких реформ не требовалось вообще.
Приблизительно с 1909 года начались мелкие, но систематические придирки и кляузы крайне правых царю на главу правительства, что немало попортило крови Столыпину. Решено было создать Морской генеральный штаб из двух десятков человек. Поскольку это вызывало дополнительные расходы, Столыпин решил провести его штаты через Думу, которая утверждала бюджет. Немедленно последовал донос Николаю II, который был «верховным вождём армии» и считал, что все дела о вооружённых силах – его личная компетенция. Проведённый через Думу и Государственный совет законопроект о штатах МГШ Николай II демонстративно не утвердил. В это же время «святой старец» Г. Распутин, уже несколько лет вертевшийся при дворе, приобрёл значительное влияние на экзальтированную царицу. Скандальные похождения старца заставили Столыпина попросить царя выгнать Распутина из столицы. В ответ на это, тяжело вздохнув, Николай II ответил: «Я с вами согласен, Пётр Аркадьевич, но пусть будет лучше десять Распутиных, чем одна истерика императрицы»