Проект налогового кодекса состоял из четырех частей. Первая – «Общая часть» – закладывала правовой фундамент налоговых отношений и определяла основы процесса налогообложения. По своей тематике и кругу регулируемых вопросов эта часть была близка к Закону «Об основах налоговой системы в Российской Федерации», и после введения ее в действие она должна была заменить указанный Закон. Однако за счет вовлечения в законодательное регулирование большого числа новых вопросов и отношений, а также за счет более глубокой проработки действующих правил и норм объем проекта первой части налогового кодекса значительно превосходил объем Закона «Об основах налоговой системы в Российской Федерации».

Следующие три части – «Федеральные налоги», «Региональные налоги» и «Местные налоги» – были посвящены конкретному порядку налогообложения по всем федеральным налогам и сборам, а также принципам налогообложения по региональным и местным налогам и сборам.

Наиболее сложной задачей, стоявшей перед разработчиками налогового кодекса, был вопрос о налоговом федерализме, о распределении полномочий федеральных органов власти, органов власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления. При рассмотрении этих вопросов необходимо было найти такое решение, которое смогло бы обеспечить оптимальное сочетание общегосударственных, региональных и местных интересов. В проекте общей части налогового кодекса полномочия в налоговой сфере распределялись между уровнями власти и местным самоуправлением, исходя из того, что все федеральные, региональные и местные налоги и сборы являются элементами единой налоговой системы Российской Федерации, влияющей на функционирование и развитие единого рынка России. При этом предусматривалось установление правовых механизмов взаимодействия всех элементов единой налоговой системы Российской Федерации.

Органам законодательной власти субъектов Российской Федерации и органам местного самоуправления предоставлялось право самостоятельно устанавливать и прекращать действие региональных и местных налогов (сборов), изменять их ставки, предоставлять налоговые льготы и принимать другие самостоятельные решения в рамках установленных Российской Федерацией и субъектами Российской Федерации общих принципов налогообложения и сборов в соответствии с Конституцией Российской Федерации.

Классификация налогов и сборов на федеральные, региональные и местные соответствовала разделению полномочий законодательных (представительных) органов власти Российской Федерации, субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления по установлению или отмене налогов или сборов на соответствующей подведомственной территории.

Установление исчерпывающего перечня федеральных, региональных и местных налогов и сборов должно было воспрепятствовать процессу формирования несовместимых налоговых схем в регионах и на местах, возникновению конфликтных ситуаций в результате межбюджетного соперничества и способствовать сохранению единого Российского государства. Налогоплательщикам при этом гарантировалась определенная стабильность и предсказуемость налоговой системы.

Бюджеты всех уровней обеспечивались собственными закрепленными, гарантированными источниками доходов, одновременно предусматривалось сохранение регулирующих федеральных налогов. Региональные органы власти могли принимать аналогичные решения по введению регулирующих региональных налогов.

В пояснительной записке Правительства к проекту налогового кодекса отмечалось, что основная часть доходов региональных бюджетов формируется за счет поступлений от четырех налогов, а именно: от НДС, налога на прибыль, подоходного налога с физических лиц и акцизов. Эти налоги в проекте налогового кодекса сохранялись и должны оставаться существенными источниками региональных бюджетов. При подготовке налогового кодекса не ставилась цель указать нормативы отчислений по федеральным налогам в региональный бюджет, как и не рассматривались вопросы трансфертов из федерального бюджета, поскольку подобные вопросы должны решаться в рамках бюджетного законодательства. Предложенные формулировки были достаточно гибкими для того, чтобы позволить любое бюджетное решение этих вопросов.