На практике долгое время существовал спор о соотношении этих двух норм. С одной стороны, ст. 88 НК РФ, определяющая порядок проведения камеральной проверки, ограничивает право налоговых органов на истребование дополнительных документов при камеральной проверке, но, с другой стороны, ст. 93 НК РФ, действие которой распространяется на все налоговые проверки (и на камеральную, и на выездную), предусматривает возможность истребования во время проверки любых дополнительных документов. Позиция налогоплательщиков сводилась к тому, что в данном случае в первую очередь применению подлежат положения ст. 88 НК РФ, поскольку эта статья целиком посвящена камеральной проверке и содержит по отношении к ст. 93 НК РФ специальные правовые нормы.

Точку в этом вопросе поставил Президиум ВАС РФ, который в ходе рассмотрения одного из дел отверг доводы налогового органа о том, что требование инспекции о предоставлении документов распространяется как на камеральные, так и на выездные налоговые проверки, поскольку положения ст. 93 НК РФ не содержат каких-либо исключений из этого правила.

Суд подчеркнул, что НК РФ различает указанные формы налогового контроля (камеральные и выездные проверки), определив в рамках каждой из них права и обязанности как налогоплательщика, так и налогового органа. Суд признал, что при истребовании документов в рамках камеральной проверки необходимо руководствоваться именно специальной нормой, содержащейся в п. 7 ст. 88 НК РФ, в силу которой при проведении камеральной налоговой проверки налоговый орган не вправе истребовать у налогоплательщика дополнительные сведения и документы, если иное не предусмотрено данной статьей или если представление таких документов вместе с налоговой декларацией (расчетом) не предусмотрено Кодексом (постановление Президиума ВАС РФ от 11.11.2008 № 7307/08).

Что касается содержания самой ст. 88 НК РФ, то она предусматривает три специальных случая, когда налоговый орган вправе истребовать документы.

Первое исключение. Если налогоплательщик использует налоговые льготы, налоговый орган вправе потребовать документы, подтверждающие право на эти льготы (п. 6 ст. 88 НК РФ).

Однако вопрос о том, что есть «льготы» для целей применения ст. 88 НК РФ, является неоднозначным. Так, в соответствии с п. 1 ст. 56 НК РФ налоговыми льготами признаются предоставляемые отдельным категориям налогоплательщиков предусмотренные налоговым законодательством преимущества по сравнению с другими налогоплательщиками, включая возможность не уплачивать налог либо уплачивать его в меньшем размере.

С одной стороны, положения ст. 88 НК РФ представляется логичным, так как в соответствии с правовой позицией Конституционного Суда РФ само право на применение налоговой льготы имеет только тот налогоплательщик, у которого есть основания для ее получения и соответствующие документы, подтверждающие возникновение обстоятельств, с которыми НК РФ связывает возникновение права на налоговую льготу (определение Конституционного Суда РФ от 18.12.2003 № 472-О).

Однако не все элементы налогообложения, позволяющие плательщику уплачивать налог в меньшем размере, можно рассматривать в качестве именно налоговых льгот. В частности, кроме налоговых льгот налогоплательщик вправе пользоваться обоснованной налоговой выгодой, какой выступает и возможность применить вычеты (НДФЛ, НДС), расходы для целей исчисления налога на прибыль и др. Представляется очевидным, что основания для применения налоговых льгот и основания для получения обоснованной налоговой выгоды не всегда совпадают. Тем не менее необходимо признать, что в настоящее время полной правовой ясности в этом вопросе до сих пор нет.