Приказом Минфина России от 11.07.2005 г. № 85н «Об утверждении особенностей постановки на учет крупнейших налогоплательщиков» утверждено, что постановка на учет крупнейшего налогоплательщика осуществляется в Межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, к компетенции которой отнесен налоговый контроль за соблюдением данным крупнейшим налогоплательщиком законодательства о налогах и сборах.

Процедура постановки на учет крупнейшего налогоплательщика в указанной инспекции начинается с запроса Межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам у инспекции ФНС России, в которой крупнейший налогоплательщик состоит на учете по месту своего нахождения, заверенных в установленном порядке копий документов, содержащихся в учетном деле крупнейшего налогоплательщика, а также документов по налоговому контролю и лицевых счетов.

Инспекция ФНС России по местонахождению организации направляет запрашиваемые документы в соответствующую Межрегиональную (межрайонную) инспекцию ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам в пятидневный срок после получения запроса.

Межрегиональная (межрайонная) инспекция ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам в трехдневный срок после получения документов от инспекции ФНС России по местонахождению организации направляет заказным письмом крупнейшему налогоплательщику уведомление о постановке на учет в налоговом органе в качестве крупнейшего налогоплательщика.

При постановке на учет крупнейшего налогоплательщика в Межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам ИНН, присвоенный в инспекции ФНС России по местонахождению организации, не изменяется. Межрегиональной (межрайонной) инспекцией ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам крупнейшему налогоплательщику присваивается новый КПП, первые четыре знака которого – код межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам. Признак отнесения организации к крупнейшему налогоплательщику содержится в 5-м и 6-м знаках КПП, имеющих значение 50.

В случае, если на территории субъекта РФ не предусмотрено создание межрайонной инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, налоговый орган по местонахождению крупнейшего налогоплательщика выдает (направляет) крупнейшему налогоплательщику уведомление о постановке на учет в налоговом органе в качестве крупнейшего налогоплательщика, в котором указывается КПП, содержащий значение 50.

Постановка на учет крупнейшего налогоплательщика в случае создания им своего обособленного подразделения и(или) регистрации принадлежащего ему недвижимого имущества и транспортных средств и по иным основаниям осуществляется в установленном Кодексом порядке. Инспекция ФНС России, осуществившая постановку на учет крупнейшего налогоплательщика по указанным основаниям, не позднее следующего рабочего дня после выдачи соответствующего уведомления о постановке на учет направляет сведения об этом в инспекцию ФНС России по местонахождению организации. Инспекция ФНС России по местонахождению организации не позднее следующего рабочего дня после получения сведений от инспекции, осуществившей постановку на учет крупнейшего налогоплательщика, направляет указанные сведения в Межрегиональную (межрайонную) инспекцию по крупнейшим налогоплательщикам.

Приказом ФНС России от 26.04.2005 г. № САЭ-3-09/178 «Об утверждении формы № 9-КНУ „“Уведомление о постановке на учет в налоговом органе юридического лица в качестве крупнейшего налогоплательщика”“ утверждена специальная форма уведомления о постановке на учет в налоговом органе юридического лица в качестве крупнейшего плательщика.