В связи с отсутствием четких критериев деления инновационных предприятий по видам инновационной продукции, по стадиям инновационного цикла производимой продукции (исследование, разработка, внедрение, потребление), возникают вопросы: что именно относить к инновационным технологиям и затратам на них; как подтверждать обоснованность расходов с точки зрения их направленности на осуществление инновационной деятельности, на создание и реализацию «нового», «усовершенствованного», «принципиально нового» или «нового социально-значимого» инновационного продукта? Это усложняет налоговый учет, делает его затратным, поскольку требует наличия в организации квалифицированных юристов и положительной практики судебных разбирательств с налоговыми органами.

При этом меры, стимулирующие полный инновационный цикл (от разработки до внедрения и потребления) и позволяющие компаниям оставлять результаты НИОКР в своей стране, а не передавать их за рубеж, отсутствуют.

Недостаточно разработаны методы и инструменты налогового стимулирования по видам экономической деятельности. Так, для малого бизнеса в части инновационной деятельности целесообразен специальный режим налогообложения. Если речь идет о поощрении широкомасштабных инвестиций, то сочетание льгот необходимо направлять на применение низкой ставки, ускоренных мер амортизации, предоставление специальных стимулов при налогообложении выплат высококвалифицированным сотрудникам и пр.

Большинство действующих льгот введено в отношении налогообложения прибыли, однако налог на прибыль является самым «неуплачиваемым». При этом в налоговой нагрузке организаций, например нефтегазовой отрасли, наибольший удельный вес занимают налог на добычу полезных ископаемых, акцизы, экспортная пошлина, составляющие 46 % доходов консолидированного бюджета10. Отсутствие эффективных методов и инструментов, стимулирующих инновационную деятельность данной отрасли, является одним из основных факторов, сдерживания ее развития.

Машиностроение является базовой отраслью, от уровня развития которой существенным образом зависит эффективность структурных преобразований в экономике страны. Продукция машиностроения – фундамент экономического развития, на котором возможно повышение конкурентоспособности всех остальных секторов и отраслей промышленности. Обеспечивая экономику средствами производства, машиностроение содействует развитию всех остальных обрабатывающих производств энергетического, топливного сектора, сельского хозяйства. Поэтому эффективное использование налогового стимулирования требует детального изучения особенностей реализации инновационного процесса, а также уплачиваемых видов налогов, имеющих разный характер в зависимости от объемов производства в данной отрасли.

В период 2005-2008 гг. было проведено несколько опросов по различным выборкам, отраслям и регионам, обобщение которых позволило дать некоторую оценку эффективности налогового стимулирования инноваций. Репрезентативный опрос руководителей российских предприятий обрабатывающей промышленности, проводившийся Межведомственным аналитическим центром в 2005 году и в августе 2008 года показал, что отношение к налоговой политике в целом улучшилось. Если в 2005 году на недостаточность механизмов налогового стимулирования указывало 45 % респондентов, то в 2008 году – только 29%11.

В то же время налоговыми льготами пользуются далеко не все предприятия из тех, что имеют право на такие льготы. Опрос 2008 года12 показал, что амортизационная премия использовалась менее чем 20 % опрошенных предприятий, а новый порядок списания расходов (отнесение на расходы 100 % затрат на НИОКР, не давших положительного результата, снижение до 1 года срока, в течение которого затраты на НИОКР относятся на расходы) – чуть более чем 13 % предприятий